SAXSdb — 3tlk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferrienterobactin-binding periplasmic protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (III) ION × 1 N,N',N''-[(3S,7S,11S)-2,6,10-trioxo-1,5,9-trioxacyclododecane-3,7,11-triyl]tris(2,3-dihydroxybenzamide) × 2 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (III) ION × 2 N,N',N''-[(3S,7S,11S)-2,6,10-trioxo-1,5,9-trioxacyclododecane-3,7,11-triyl]tris(2,3-dihydroxybenzamide) × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (III) ION × 1 N,N',N''-[(3S,7S,11S)-2,6,10-trioxo-1,5,9-trioxacyclododecane-3,7,11-triyl]tris(2,3-dihydroxybenzamide) × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FEPB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318 作者链 B； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318 作者链 C； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tlk
沉积日期 deposition_date	2011-08-30
结构标题 title	Crystal structure of holo FepB
关键词 keywords	Ferric-enterobactin, trimer, siderophore transport, Periplasmic space, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tlk__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tlk__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tlk__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.41 Å
Rg（电子密度）	19.43 Å
总 Rg	20.32 Å
原子数	2313
残基数	295
排除体积	41053 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tlk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3tlk__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3tlk__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferrienterobactin-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	35385.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7572

MRLAPLYRNALLLTGLLLSGIAAVQAADWPRQITDSRGTHTLESQPQRIVSTSVTLTGSLLAIDAPVIASGATTPNNRVADDQGFLRQWSKVAKERKLQRLYIGEPSAEAVAAQMPDLILISATGGDSALALYDQLSTIAPTLIINYDDKSWQSLLTQLGEITGHEKQAAERIAQFDKQLAAAKEQIKLPPQPVTAIVYTAAAHSANLWTPESAQGQMLEQLGFTLAKLPAGLNASQSQGKRHDIIQLGGENLAAGLNGESLFLFAGDQKDADAIYANPLLAHLPAVQNKQVYALGTETFRLDYYSAMQVLDRLKALFLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N,N',N''-[(3S,7S,11S)-2,6,10-trioxo-1,5,9-trioxacyclododecane-3,7,11-triyl]tris(2,3-dihydroxybenzamide)
分子量 formula_weight	669.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	616

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d3tlka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3tlka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3tlkb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3tlkc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3tlkc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3tlkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	3tlkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	3tlkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	3tlkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	3tlkC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	3tlkC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

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晶胞边长 a length_a	74.024 Å
晶胞边长 b length_b	131.591 Å
晶胞边长 c length_c	196.113 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.853 Å
最低分辨率 resolution_low	39.314 Å
R 因子 r_factor	0.1802
R_work r_work	0.1793
R_free r_free	0.2168

Crystal structure of holo FepB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferrienterobactin-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tlk__assembly_3__model_1

3tlk__assembly_3__model_1 | I(q)

3tlk__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of holo FepB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferrienterobactin-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tlk__assembly_3__model_1

3tlk__assembly_3__model_1 | I(q)

3tlk__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)