SAXSdb — 3tm7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartate 1-decarboxylase beta chain

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–24 链 B； UniProt 25–126 链 C； UniProt 1–24 链 D； UniProt 25–126	突变：N72A	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；1.6-2.4M ammonium sulphate, 0.1M citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.184
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–24 链 B； UniProt 25–126 链 C； UniProt 1–24 链 D； UniProt 25–126	突变：N72A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；1.6-2.4M ammonium sulphate, 0.1M citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TM7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AW8 PYRUVOYL DEPENDENT ASPARTATE DECARBOXYLASE 提交 1997-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–24（24 aa）链 B 25–115（91 aa）链 D 1–24（24 aa）链 E 25–115（91 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG 2000 MME, 0.1 M NA ACETATE, PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.239
1PPY Native precursor of pyruvoyl dependent Aspartate decarboxylase 提交 2003-06-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；NH42SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.95 Å R-free 0.195
1PQE S25A mutant of pyruvoyl dependent aspartate decarboxylase 提交 2003-06-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）	突变：S25A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；NH42SO4,Tris/HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.95 Å R-free 0.205
1PQF Glycine 24 to Serine mutation of aspartate decarboxylase 提交 2003-06-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：G24S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：G24S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；NH42SO4, citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.185
1PQH Serine 25 to Threonine mutation of aspartate decarboxylase 提交 2003-06-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：S25T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S25T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 MLA MALONIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；Sodium malonate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.29 Å R-free 0.166
1PT0 Unprocessed Pyruvoyl Dependent Aspartate Decarboxylase with an Alanine insertion at position 26 提交 2003-06-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；290 K；1.4-1.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Citric Acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.191
1PT1 Unprocessed Pyruvoyl Dependent Aspartate Decarboxylase with Histidine 11 Mutated to Alanine 提交 2003-06-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H11A 突变：H11A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；290 K；1.4-1.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Citric Acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.90 Å R-free 0.170
1PYQ Unprocessed Aspartate Decarboxylase Mutant, with Alanine inserted at position 24 提交 2003-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；290 K；0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.90 Å R-free 0.179
1PYU Processed Aspartate Decarboxylase Mutant with Ser25 mutated to Cys 提交 2003-07-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–24（24 aa）链 B 25–126（102 aa）链 C 1–24（24 aa）链 D 25–126（102 aa）	突变：S25C 突变：S25C	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；290 K；0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
4AOK Conformational dynamics of aspartate alpha-decarboxylase active site revealed by protein-ligand complexes: 1-methyl-L-aspartate complex 提交 2012-03-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–24（24 aa）链 B 25–126（102 aa）链 D 1–24（24 aa）链 E 25–126（102 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；5 MG/ML ASPARTATE-ALPHA-DECARBOXYLASE IN 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 3.8	分辨率 1.50 Å R-free 0.180
4AON Conformational dynamics of aspartate alpha-decarboxylase active site revealed by protein-ligand complexes: 1-methyl-L-aspartate complex 提交 2012-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–24（24 aa）链 B 25–126（102 aa）链 D 1–24（24 aa）链 E 25–126（102 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GLU GLUTAMIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；5 MG/ML ASPARTATE-ALPHA-DECARBOXYLASE IN 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 3.8	分辨率 1.50 Å R-free 0.162
4AZD T57V mutant of aspartate decarboxylase 提交 2012-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：YES 突变：YES	MLI MALONATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；292 K；2.4 M SODIUM MALONATE, 1.5 M (NH4)2SO4 PH 4, 292 K	分辨率 1.62 Å R-free 0.217
4CRY Direct visualisation of strain-induced protein post-translational modification 提交 2014-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–24（24 aa）链 G 25–126（102 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 1.61 Å R-free 0.150
4CRZ Direct visualisation of strain-induced protein prost-translational modification 提交 2014-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–126（126 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 4 ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 1.70 Å R-free 0.175
4CS0 Direct visualisation of strain-induced protein post-translational modification 提交 2014-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–126（126 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 4 ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
4D7Z E. coli L-aspartate-alpha-decarboxylase mutant N72Q to a resolution of 1.9 Angstroms 提交 2014-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–24（24 aa）链 B 25–119（95 aa）片段：RESIDUES 25-119	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SCN THIOCYANATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；ADC.PANZ COMPLEX WAS PREPARED IN A 10: 11 RATIO AT A FINAL CONCENTRATION OF 5.7 MG/ML WITH A 2-FOLD MOLAR EXCESS (RELATIVE TO PANZ) OF ACETYLCOA IN 0.05 M TRIS-HCL PH 7.69, 0.1 M NACL, 0.1 MM DTT. THIS WAS MIXED IN A 1:1 RATIO WITH RESERVOIR SOLUTION (0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M BIS- TRIS PROPANE PH 6.8, 20 % W/V PEG 3350) AND CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAOUR DIFFUSION (4 UL DROPLET OVER A 1 ML RESERVOIR).	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
5LS7 Complex of wild type E. coli alpha aspartate decarboxylase with its processing factor PanZ 提交 2016-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–24（24 aa）链 D 25–126（102 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 ACO ACETYL COENZYME A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CO2* CARBON DIOXIDE × 12 SCN THIOCYANATE ION × 8 74C methyl radical × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；200 mM KSCN, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 20% v/v PEG 3350	分辨率 1.16 Å R-free 0.137

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAND_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–26； UniProt 1–24 作者链 C； PDB构建体 3–26； UniProt 1–24 作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 25–126 作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 25–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tm7
沉积日期 deposition_date	2011-08-31
结构标题 title	Processed Aspartate Decarboxylase Mutant with Asn72 mutated to Ala
关键词 keywords	AUTO-PROCESSING, LYASE, Pyruvoyl; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.30 Å
零角强度 I(0) i0	13072400.00
分子量 molecular_weight	26002.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32089 Å³
包络体积 envelope_volume	38753 Å³
水化壳体积 shell_volume	17252 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.05 Å
包络 Rg envelope_rg	20.56 Å
形状 Rg shape_rg	19.30 Å
总 Rg total_rg	20.13 Å
总原子数 total_atoms	1822
残基数 n_residues	244
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.539
峰度 Kurtosis kurtosis	0.454
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2464000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.431; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.687; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aspartate 1-decarboxylase beta chain
分子量 formula_weight	2985.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2104

GSMIRTMLQGKLHRVKVTHADLHYEG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
分子量 formula_weight	10984.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.11
突变 mutation	N72A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SCAIDQDFLDAAGILENEAIDIWNVTNGKRFSTYAIAAERGSRIISVAGAAAHCASVGDIVIIASFVTMPDEEARTWRPNVAYFEGDNEMKRTAKAIPVQVA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	227

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3tm7B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3tm7D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.083 Å
晶胞边长 b length_b	71.083 Å
晶胞边长 c length_c	215.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1614
R_work r_work	0.1602
R_free r_free	0.1841

fit	/app/data/saxs_computation/tm/3tm7/3tm7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/3tm7/3tm7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/3tm7/3tm7.dat

Processed Aspartate Decarboxylase Mutant with Asn72 mutated to Ala

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartate 1-decarboxylase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)