SAXSdb — 3u0k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RCaMP

Entacmaea quadricolor

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 204–432 链 B； UniProt 1–203	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U0K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4IK1 High resolution structure of GCaMPJ at pH 8.5 提交 2012-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–48（48 aa）链 A 284–432（149 aa）	突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T, D362Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T, D362Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris pH 8.5, (NH4)2SO4, 25% PEG 3350, 0.5% DDAO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.205
4IK3 High resolution structure of GCaMP3 at pH 8.5 提交 2012-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–48（48 aa）链 A 284–432（149 aa）	突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris pH 8.5, (NH4)2SO4, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.01 Å R-free 0.214
4IK4 High resolution structure of GCaMP3 at pH 5.0 提交 2012-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–48（48 aa）链 A 284–432（149 aa）	突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；Bis-Tris pH 5.0, (NH4)2SO4 and 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.01 Å R-free 0.212
4IK5 High resolution structure of Delta-REST-GCaMP3 提交 2012-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–48（24 aa）链 A 284–432（149 aa）	突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris pH 8.5, NH4OAc, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
4IK8 High resolution structure of GCaMP3 dimer form 1 at pH 7.5 提交 2012-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–48（48 aa）链 A 284–432（149 aa）	突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；HEPES pH 7.5, (NH4)2SO4, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
4IK9 High resolution structure of GCaMP3 dimer form 2 at pH 7.5 提交 2012-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–48（48 aa）链 A 284–432（149 aa）	突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, I354T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；HEPES pH 7.5, (NH4)2SO4, 21% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.80 Å R-free 0.195
6ZSM Crystal structure of rsGCaMP double mutant Ile80His/Val116Ile in the ON state (non-illuminated) 提交 2020-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–432（149 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 5 FMT FORMIC ACID × 14 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；292 K；0.20 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tris-Propane buffer pH 8.5, 19% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.198
6ZSN Crystal structure of rsGCaMP double mutant Ile80His/Val116Ile in the OFF state (illuminated) 提交 2020-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–432（149 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FMT FORMIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；0.20 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tris-Propane buffer pH 8.5, 19% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.259

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K4DIE3_ENTQU
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 11–213； UniProt 1–203 作者链 A； PDB构建体 1–227； UniProt 204–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u0k
沉积日期 deposition_date	2011-09-28
结构标题 title	Crystal Structure of the genetically encoded calcium indicator RCaMP
关键词 keywords	Fluorescent protein, calcium binding, EF-hand, genetically encoded calcium indicator; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.18 Å
零角强度 I(0) i0	36260300.00
分子量 molecular_weight	44802.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55354 Å³
包络体积 envelope_volume	67238 Å³
水化壳体积 shell_volume	24081 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.29 Å
包络 Rg envelope_rg	24.30 Å
形状 Rg shape_rg	24.15 Å
总 Rg total_rg	24.99 Å
总原子数 total_atoms	3132
残基数 n_residues	396
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8840
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RCaMP
分子量 formula_weight	23279.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3302

MGSHHHHHHGMASMTGGQQMGRDLYDDDDKDLATMVDSSRRKWNKTGHAVRAIGRLSSAINTEMMYPADGGLRGYTHMALKVDGGGHLSCSFVTTYRSKKTVGNIKMPGIHYVSHRLERLEESDNEMFVVQREHAVAKFVGLGGGGGTGGSMNSLIKENMRMKVVLEGSVNGHQFKCTGEGEGNPYMGTQTMRIKVIEGGPLPFAFDILATSF

来源 Source

来源生物 organism	Entacmaea quadricolor
通用名 common_name	Bubble-tip anemone
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6118
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RCaMP
分子量 formula_weight	26048.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

XSRTFIKYPKGIPDFFKQSFPEGFTWERVTRYEDGGVITVMQDTSLEDGCLVYHAQVRGVNFPSNGAVMQKKTKGWEPTRDQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGDGTIDFPEFLIMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Entacmaea quadricolor
通用名 common_name	Bubble-tip anemone
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6118
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.918 Å
晶胞边长 b length_b	75.918 Å
晶胞边长 c length_c	123.161 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	21.580 Å
R 因子 r_factor	0.1918
R_work r_work	0.1893
R_free r_free	0.2385

fit	/app/data/saxs_computation/u0/3u0k/3u0k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u0/3u0k/3u0k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u0/3u0k/3u0k.dat

Crystal Structure of the genetically encoded calcium indicator RCaMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RCaMP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)