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3u9d

Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-24) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 13-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 3–377 未记录 Thymosin beta-4, Chimeric protein × 1 （P62326,O97428） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 3–377 未记录 Thymosin beta-4, Chimeric protein × 1 （P62326,O97428） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3U9D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8ZBM RAT skeletal muscle ATM complex 提交 2024-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 E 7–377（371 aa）
链 H 7–377（371 aa）
链 O 7–377（371 aa）
链 P 7–377（371 aa）
链 Q 7–377（371 aa）
链 R 7–377（371 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8ZIX RAT skeletal muscle F-actin 提交 2024-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 7–377（371 aa）
链 B 7–377（371 aa）
链 E 7–377（371 aa）
链 F 7–377（371 aa）
链 P 7–377（371 aa）
链 R 7–377（371 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 C； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377

Thymosin beta-4, Chimeric protein

Bos taurus

UniProt O97428

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 8–24 片段：UNP O97428 residues 8-24, UNP P62326 residues 13-44 Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68136） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 8–24 片段：UNP O97428 residues 8-24, UNP P62326 residues 13-44 Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68136） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3U9D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1SQK CRYSTAL STRUCTURE OF CIBOULOT IN COMPLEX WITH SKELETAL ACTIN 提交 2004-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 10–34（25 aa） 片段：residues 10-34
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PEG 8000 20%, MAGNESIUM ACETATE 200MM, SODIUM CACODYLATE 100 MM, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.50 Å R-free 0.278
3SJH Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-29) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 18-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP-Latrunculin A 提交 2011-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 8–29（22 aa） 片段：UNP O97428 residues 8-29, UNP P62326 residues 18-44
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；22% PEG3350, 0.2M MgAcetate pH6.5, 0.45M Guanidine HCl, 1% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.199
3U8X Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-29) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 18-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP 提交 2011-10-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 8–29（22 aa） 片段：UNP O97428 residues 8-29, UNP P62326 residues 18-44
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；20% PEG3350, 0.2M MgAcetate pH6.5, 0.45M Guanidine HCl, 1% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
3U8X Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-29) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 18-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP 提交 2011-10-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 8–29（22 aa） 片段：UNP O97428 residues 8-29, UNP P62326 residues 18-44
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；20% PEG3350, 0.2M MgAcetate pH6.5, 0.45M Guanidine HCl, 1% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
3U9Z Crystal structure between actin and a protein construct containing the first beta-thymosin domain of drosophila ciboulot (residues 2-58) with the three mutations N26D/Q27K/D28S 提交 2011-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–58（57 aa） 片段：UNP residues 2-58
突变：N26D, Q27K, D28S ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.09 Å R-free 0.227

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O97428_DROME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 6–22； UniProt 8–24 作者链 D； PDB构建体 6–22； UniProt 8–24

Thymosin beta-4, Chimeric protein

Bos taurus

UniProt P62326

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 13–44 片段：UNP O97428 residues 8-24, UNP P62326 residues 13-44 Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68136） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 13–44 片段：UNP O97428 residues 8-24, UNP P62326 residues 13-44 Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68136） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 6.5；298 K；18% PEG3350, 0.05M NaAcetate pH4.7, 0.1M MgAcetate pH6.5, 0.32M Guanidine HCl, 0.8% Dioxane, hanging drop, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3U9D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3SJH Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-29) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 18-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP-Latrunculin A 提交 2011-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–44（27 aa） 片段：UNP O97428 residues 8-29, UNP P62326 residues 18-44
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；22% PEG3350, 0.2M MgAcetate pH6.5, 0.45M Guanidine HCl, 1% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.199
3U8X Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-29) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 18-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP 提交 2011-10-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–44（27 aa） 片段：UNP O97428 residues 8-29, UNP P62326 residues 18-44
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；20% PEG3350, 0.2M MgAcetate pH6.5, 0.45M Guanidine HCl, 1% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
3U8X Crystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-29) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 18-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP 提交 2011-10-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 18–44（27 aa） 片段：UNP O97428 residues 8-29, UNP P62326 residues 18-44
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；20% PEG3350, 0.2M MgAcetate pH6.5, 0.45M Guanidine HCl, 1% Dioxane, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.238

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TYB4_BOVIN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 23–54； UniProt 13–44 作者链 D； PDB构建体 23–54； UniProt 13–44

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3u9d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3u9d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3u9d
沉积日期 deposition_date2011-10-18
结构标题 titleCrystal Structure of a chimera containing the N-terminal domain (residues 8-24) of drosophila Ciboulot and the C-terminal domain (residues 13-44) of bovine Thymosin-beta4, bound to G-actin-ATP
关键词 keywordsCONTRACTILE PROTEIN, PROTEIN BINDING; CONTRACTILE PROTEIN, PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.57 Å
零角强度 I(0) i0115052000.00
分子量 molecular_weight85361.0 kDa
排除体积 excluded_volume106540 ų
包络体积 envelope_volume138030 ų
水化壳体积 shell_volume34597 ų
包络直径 envelope_diameter128.7 Å
壳层 Rg shell_rg38.97 Å
包络 Rg envelope_rg35.37 Å
形状 Rg shape_rg35.53 Å
总 Rg total_rg35.94 Å
总原子数 total_atoms5986
残基数 n_residues756
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.2 Å
Rg (实空间) rg_real35.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal115000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8137
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4 Å
偏度 Skewness skewness0.503
峰度 Kurtosis kurtosis-0.526
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30330000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.698; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.676; Smooth: 0.804
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3u9da1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3u9da2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3u9dc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3u9dc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3u9dA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3u9dA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3u9dA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3u9dC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3u9dC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3u9dC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)