SAXSdb — 3ubt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HaeIII

Haemophilus aegyptius

UniProt P20589

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 Y； UniProt 1–330	突变：C71S	5'-D(TPGPGPCPCPA)-3' × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.221
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–330	突变：C71S	5'-D(TPGPGPCPCPA)-3' × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.221
3	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–330	突变：C71S	5'-D(TPGPGPCPCPA)-3' × 2 CL CHLORIDE ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UBT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DCT DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA 提交 1995-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–324（324 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.80 Å R-free 0.326
1DCT DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA 提交 1995-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–324（324 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.80 Å R-free 0.326

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTH3_HAEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 B； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 Y； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ubt
沉积日期 deposition_date	2011-10-24
结构标题 title	Crystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransferase M.HaeIII Bound to DNA
关键词 keywords	;Protein-DNA complex, DNA cytosine-5 methyltransferase, DNA binding, S-Adenosyl methionine binding, Cytosine-5 DNA methylation, TRANSFERASE-DNA complex ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.65 Å
零角强度 I(0) i0	259971000.00
分子量 molecular_weight	123570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152120 Å³
包络体积 envelope_volume	195600 Å³
水化壳体积 shell_volume	49164 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.17 Å
包络 Rg envelope_rg	32.11 Å
形状 Rg shape_rg	32.67 Å
总 Rg total_rg	33.14 Å
总原子数 total_atoms	8668
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	260000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9033
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.164
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.940

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Modification methylase HaeIII
分子量 formula_weight	37837.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
突变 mutation	C71S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,A,B
原子数 atom_count	9258

MNLISLFSGAGGLDLGFQKAGFRIICANEYDKSIWKTYESNHSAKLIKGDISKISSDEFPKCDGIIGGPPSQSWSEGGSLRGIDDPRGKLFYEYIRILKQKKPIFFLAENVKGMMAQRHNKAVQEFIQEFDNAGYDVHIILLNANDYGVAQDRKRVFYIGFRKELNINYLPPIPHLIKPTFKDVIWDLKDNPIPALDKNKTNGNKCIYPNHEYFIGSYSTIFMSRNRVRQWNEPAFTVQASGRQCQLHPQAPVMLKVSKNLNKFVEGKEHLYRRLTVRECARVQGFPDDFIFHYESLNDGYKMIGNAVPVNLAYEIAKTIKSALEICKGNN

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus aegyptius
通用名 common_name	Koch-Weeks bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197575
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPGPGPCPCPA)-3'
分子量 formula_weight	1809.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,C

TGGCCA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NONAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	568

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3ubta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

结构域编号 domain_id	d3ubtb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

结构域编号 domain_id	d3ubty_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3ubtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3ubtA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	3ubtB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3ubtB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	3ubtY01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3ubtY02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.564 Å
晶胞边长 b length_b	129.588 Å
晶胞边长 c length_c	132.381 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.502 Å
最低分辨率 resolution_low	16.981 Å
R 因子 r_factor	0.1841
R_work r_work	0.1822
R_free r_free	0.2212

fit	/app/data/saxs_computation/ub/3ubt/3ubt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ub/3ubt/3ubt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ub/3ubt/3ubt.dat

Crystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransferase M.HaeIII Bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HaeIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)