SAXSdb — 3ucl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclohexanone monooxygenase

Rhodococcus sp. HI-31

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–540	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CYH CYCLOHEXANONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2% TMOS, 20% PEG 3350, 0.1 M cyclohexanone, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.36 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UCL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4RG3 Epsilon-caprolactone-bound crystal structure of cyclohexanone monooxygenase in the Tight conformation 提交 2014-09-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–540（540 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 ECE Caprolactone × 1 BCN BICINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；60% PEG 3350, 0.1 M bicine, 0.1 M epsilon-caprolactone, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.94 Å R-free 0.218
4RG4 Epsilon-caprolactone-bound crystal structure of cyclohexanone monooxygenase in the Loose conformation 提交 2014-09-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–540（540 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 ECE Caprolactone × 1 PTD PENTANEDIAL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；40% PEG 3350, 0.1 M imidazole, 0.2 M epsilon-caprolactone; crystals were transferred to a fresh drop and cross-linked with glutaraldehyde, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.51 Å R-free 0.264

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C0STX7_9NOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 34–573； UniProt 1–540

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ucl
沉积日期 deposition_date	2011-10-27
结构标题 title	Cyclohexanone-bound crystal structure of cyclohexanone monooxygenase in the Rotated conformation
关键词 keywords	;Baeyer-Villiger monooxygenase, Baeyer-Villiger oxidation, biocatalysis, flavoprotein, green chemistry, protein engineering, Rossmann fold, Oxidoreductase, FAD, NADPH, cyclohexanone, oxygen, Cytosolic (bacterial) ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.78 Å
零角强度 I(0) i0	58023400.00
分子量 molecular_weight	57875.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71684 Å³
包络体积 envelope_volume	84578 Å³
水化壳体积 shell_volume	29261 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.39 Å
包络 Rg envelope_rg	23.82 Å
形状 Rg shape_rg	23.77 Å
总 Rg total_rg	24.66 Å
总原子数 total_atoms	4094
残基数 n_residues	511
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.1 Å
Rg (实空间) rg_real	25.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7056
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.325
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	6.0420
最高正则化参数 α highest_alpha	14510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 0.925; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.688

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclohexanone monooxygenase
分子量 formula_weight	63876.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4215

MGSSHHHHHHHHDYDIPTTENLYFQGSLEASMHMTAQTTHTVDAVVIGAGFGGIYAVHKLHHELGLTTVGFDKADGPGGTWYWNRYPGALSDTESHLYRFSFDRDLLQESTWKTTYITQPEILEYLEDVVDRFDLRRHFKFGTEVTSALYLDDENLWEVTTDHGEVYRAKYVVNAVGLLSAINFPNLPGLDTFEGETIHTAAWPEGKSLAGRRVGVIGTGSTGQQVITSLAPEVEHLTVFVRTPQYSVPVGNRPVNPEQIAEIKADYDRIWERAKNSAVAFGFEESTLPAMSVSEEERNRIFQEAWDHGGGFRFMFGTFGDIATDEAANEAAASFIRAKVAEIIEDPETARKLMPKGLFAKRPLCDSGYYEVYNRPNVEAVAIKENPIREVTAKGVVTEDGVLHELDVLVFATGFDAVDGNYRRIEIRGRDGLHINDHWDGQPTSYLGVSTANFPNWFMVLGPNGPFTNLPPSIETQVEWISDTIGYAERNGVRAIEPTPEAEAEWTETCTEIANATLFTKGDSWIFGANIPGKKPSVLFYLGGLRNYRAVMAEVAADGYRGFEVKSAEMVTV

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus sp. HI-31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	638919
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CYCLOHEXANONE
分子量 formula_weight	98.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3uclA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.538 Å
晶胞边长 b length_b	67.105 Å
晶胞边长 c length_c	131.409 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	30.610 Å
R 因子 r_factor	0.1983
R_work r_work	0.1909
R_free r_free	0.2644

fit	/app/data/saxs_computation/uc/3ucl/3ucl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uc/3ucl/3ucl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uc/3ucl/3ucl.dat

Cyclohexanone-bound crystal structure of cyclohexanone monooxygenase in the Rotated conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclohexanone monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction