SAXSdb — 3udg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Single-stranded DNA-binding protein

Deinococcus radiodurans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3' × 4 THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3' × 4 THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 3 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSB_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301 作者链 B； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301 作者链 C； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3udg
沉积日期 deposition_date	2011-10-28
结构标题 title	Structure of Deinococcus radiodurans SSB bound to ssDNA
关键词 keywords	SSB, OB fold, beta-barrel, single-stranded DNA-binding, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3udg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3udg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3udg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.88 Å
Rg（电子密度）	22.45 Å
总 Rg	23.26 Å
原子数	3638
残基数	437
排除体积	63472 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3udg__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3udg__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Single-stranded DNA-binding protein
分子量 formula_weight	32761.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5678

MARGMNHVYLIGALARDPELRYTGNGMAVFEATVAGEDRVIGNDGRERNLPWYHRVSILGKPAEWQAERNLKGGDAVVVEGTLEYRQWEAPEGGKRSAVNVKALRMEQLGTQPELIQDAGGGVRMSGAMNEVLVLGNVTRDPEIRYTPAGDAVLSLSIAVNENYQDRQGQRQEKVHYIDATLWRDLAENMKELRKGDPVMIMGRLVNEGWTDKDGNKRNSTRVEATRVEALARGAGNANSGYAAATPAAPRTQTASSAARPTSGGYQSQPSRAANTGSRSGGLDIDQGLDDFPPEEDDLPF

来源 Source

来源生物 organism	Deinococcus radiodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243230
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	10601.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	THYMIDINE-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	322.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3udgA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3udgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3udgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3udgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3udgC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3udgC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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晶胞边长 a length_a	161.144 Å
晶胞边长 b length_b	95.675 Å
晶胞边长 c length_c	65.726 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	28.380 Å
R 因子 r_factor	0.2044
R_work r_work	0.2013
R_free r_free	0.2610

Structure of Deinococcus radiodurans SSB bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Single-stranded DNA-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3udg__assembly_1__model_1

3udg__assembly_1__model_1 | I(q)

3udg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Deinococcus radiodurans SSB bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Single-stranded DNA-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3udg__assembly_1__model_1

3udg__assembly_1__model_1 | I(q)

3udg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)