3uik

crystal structure of human Survivin mutant K62Y/H80W in complex with H3(1-10) peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–142 链 B； UniProt 1–142	片段：unp residues 1-142 突变：K62Y, H80W, K139E	histone H3(1-10) peptide × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M succinic acid, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E31 SURVIVIN DIMER H. SAPIENS 提交 2000-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；3 % PEG MME 2K, 2 MM HEXAMINE COBALT, 100 MM HEPES PH 7.1	分辨率 2.71 Å R-free 0.270
1F3H X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN ANTI-APOPTOTIC PROTEIN SURVIVIN 提交 2000-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	突变：L54M 突变：L54M	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 8000, LITHIUMSULPHATE, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.58 Å R-free 0.287
1XOX SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN SURVIVIN 提交 2004-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）片段：residues 1-117 链 B 1–117（117 aa）片段：residues 1-117	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 ambient	分辨率未提供
2QFA Crystal structure of a Survivin-Borealin-INCENP core complex 提交 2007-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；50mM MES pH6, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.202
2RAW Crystal structure of the Borealin-Survivin complex 提交 2007-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein and 0.5 ul well solution (0.1 M Na HEPES, pH 7.5; 0.2 M CaCl2; 28% (w/v) PEG 400), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.298
2RAX Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) 提交 2007-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）片段：residues 1-120	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.30 Å R-free 0.284
2RAX Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) 提交 2007-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–120（120 aa）片段：residues 1-120	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.30 Å R-free 0.284
2RAX Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) 提交 2007-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–120（120 aa）片段：residues 1-120	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.30 Å R-free 0.284
3UEC Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 phosphorylated on threonine-3. 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）	突变：E129K	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；12% peg 8000; O.1 M MOPS 7.5; 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.18 Å R-free 0.215
3UED Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 phosphorylated on threonine-3 (C2 space group). 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 C 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15% PEG 3350, 0.16 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.70 Å R-free 0.241
3UEE Crystal structure of human Survivin K62A mutant bound to N-terminal histone H3 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 C 1–142（142 aa）	突变：K62A, E129K 突变：K62A, E129K	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；12% PEG 3350, 0.12 M succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.61 Å R-free 0.237
3UEF Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 (C2 space group). 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 C 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；12% PEG 3350, 0.2 M potassium/sodium tartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.45 Å R-free 0.214
3UEG Crystal structure of human Survivin K62A mutant 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	突变：E129K, K62A 突变：E129K, K62A	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1 M HEPES-Na, 20% PEG 3350, 0.18 M AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.239
3UEH Crystal structure of human Survivin H80A mutant 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	突变：E129K, K62A 突变：E129K, K62A	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.224
3UEI Crystal structure of human Survivin E65A mutant 提交 2011-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	突变：E129K, K62A 突变：E129K, K62A	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5% Tacsimate, 0.1 M HEPES-Na, 12% PEG monomethyl eter, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.70 Å R-free 0.228
3UIG crystal structure of human Survivin in complex with T3 phosphorylated H3(1-15) peptide 提交 2011-11-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142 链 B 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142	突变：K139E 突变：K139E	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M DL-malic acid, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
3UIH crystal structure of human Survivin in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide 提交 2011-11-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142 链 B 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142	突变：K139E 突变：K139E	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M potassium thiocyanate, 10% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
3UII crystal structure of human Survivin in complex with H3(1-10) peptide 提交 2011-11-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142 链 B 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142	突变：K139E 突变：K139E	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.273
3UIJ Crystal structure of human Survivin K62Y/H80W mutant in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide 提交 2011-11-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142 链 B 1–142（142 aa）片段：unp residues 1-142	突变：K62Y, H80W, K139E 突变：K62Y, H80W, K139E	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M sodium bromide, 12% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.71 Å R-free 0.242
4A0I Crystal structure of Survivin bound to the N-terminal tail of hSgo1 提交 2011-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；100MM TRIS PH 8, 200MM NACL, 20% PEG 6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.252
4A0J Crystal structure of Survivin bound to the phosphorylated N-terminal tail of histone H3 提交 2011-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M MES PH 6.0, 18% PEG 4000.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
4A0J Crystal structure of Survivin bound to the phosphorylated N-terminal tail of histone H3 提交 2011-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M MES PH 6.0, 18% PEG 4000.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
4A0N Crystal structure of Survivin bound to the phosphorylated N-terminal tail of histone H3 提交 2011-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M LISO4, 40% PEG 400.	分辨率 2.74 Å R-free 0.260
6SHO SAD structure of Human Survivin recovered by continuous rotation data collection and multivariate analysis of Friedel pairs 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.2 M NaCitrate pH 6.5, 0.1 M BisTris Propane and 20% PEG3500	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
6YIE Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.324
6YIE Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.324
6YIF Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 1.8 A. 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 200 mM Lithium sulphate, 50 mM MES pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.223
6YIH Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 2.6 A. 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 100 mM HEPES pH 7.0, 150 mM ammonium sulphate	分辨率 2.55 Å R-free 0.259
7LBK Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me3 peptide 提交 2021-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；The crystal was obtained by mixing 1 uL of protein at 10 mg/mL with 1 uL of mother liquor composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 14% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
7LBO Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me1 peptide 提交 2021-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 B 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1 uL of protein at 10 mg/mL was mixed with 1 uL of buffer composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 12% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
7LBP Crystal structure of human Survivin bound to histone H3T3phK4ac peptide 提交 2021-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）链 C 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1 uL of protein at 10mg/mL was mixed with 1 uL of buffer composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 12% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
7LBQ Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me2 peptide 提交 2021-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；1 uL of protein was mixed with 1uL of buffer composed of 2.25 mM spermine, 9 mM MgCl2, 0.9 mM spermidine, 1.8 mM cobalt (III)hexamine chloride, 0.05 sodium cacodylate pH 7.0, 5% PEG 400	分辨率 2.69 Å R-free 0.268
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 K 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.	分辨率 2.42 Å
9SI3 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome 提交 2025-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 M 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9SI9 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0) 提交 2025-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 M 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
9SJ5 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1) 提交 2025-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 M 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
9SLJ Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy) 提交 2025-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 M 1–142（142 aa）链 P 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9TPH Survivin 1-127 in complex with a molecular tweezer-Histone-H3-peptide conjugate 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–127（126 aa）链 B 2–127（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 A1JXR Molecular tweezer (BIRC5) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M imidazole pH 8.0, 0.05M Ca-acetate, 35% v/v 2-ethoxyethanol	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
9TPI Survivin 1-122 in complex with a molecular tweezer-Histone-H3-peptide conjugate 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–122（121 aa）链 B 2–122（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 A1JXR Molecular tweezer (BIRC5) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M imidazole pH 8.0, 0.05M Ca-acetate, 35% v/v 2-ethoxyethanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.235

共 35 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BIRC5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–143； UniProt 1–142 作者链 B； PDB构建体 2–143； UniProt 1–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3uik
沉积日期 deposition_date	2011-11-04
结构标题 title	crystal structure of human Survivin mutant K62Y/H80W in complex with H3(1-10) peptide
关键词 keywords	BIR domain, mitosis, T3 phosphorylated H3 binding, Smac/Diablo binding, APOPTOSIS-APOPTOSIS INHIBITOR complex; APOPTOSIS/APOPTOSIS INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.75 Å
零角强度 I(0) i0	18364800.00
分子量 molecular_weight	32606.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40720 Å³
包络体积 envelope_volume	54797 Å³
水化壳体积 shell_volume	18636 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.06 Å
包络 Rg envelope_rg	28.32 Å
形状 Rg shape_rg	27.73 Å
总 Rg total_rg	28.22 Å
总原子数 total_atoms	2290
残基数 n_residues	278
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6834
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.523
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2373000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.533; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.281; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
分子量 formula_weight	16553.8 kDa
突变 mutation	K62Y, H80W, K139E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2290

GMGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLAQCFFCFYELEGWEPDDDPIEEHKKWSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	histone H3(1-10) peptide
分子量 formula_weight	1150.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

ARTKQTARKS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3uika_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamily	g.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family family	g.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat

结构域编号 domain_id	d3uikb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamily	g.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family family	g.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3uikA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

结构域编号 domain_id	3uikB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.503 Å
晶胞边长 b length_b	71.389 Å
晶胞边长 c length_c	81.874 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	128.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.701 Å
最低分辨率 resolution_low	27.684 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2813

fit	/app/data/saxs_computation/ui/3uik/3uik.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ui/3uik/3uik.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ui/3uik/3uik.dat

crystal structure of human Survivin mutant K62Y/H80W in complex with H3(1-10) peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)