SAXSdb — 3um3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRO1 domain-containing protein BROX

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–411	片段：Brox bro1 domain 2-377	Charged multivesicular body protein 4b × 1 （Q9H444）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；273 K；1.0M sodium citrate, 0.1M imidazol, 15% glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 3.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UM3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3R9M Crystal structure of the Brox Bro1 domain 提交 2011-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–374（373 aa）片段：UNP residues 2-374	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES, 1M sodium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.167
3ULY Crystal Structure of BROX Bro1 Domain in Complex with the C-Terminal Tails of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–411（410 aa）片段：brox bro1 domain 2-411	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.211
3ULY Crystal Structure of BROX Bro1 Domain in Complex with the C-Terminal Tails of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–411（410 aa）片段：brox bro1 domain 2-411	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.211
3UM0 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–411（410 aa）片段：Brox bro1 domain 2-411	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.257
3UM0 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–411（410 aa）片段：Brox bro1 domain 2-411	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.257
3UM1 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–377（376 aa）片段：Brox bro1 domain 2-377 链 D 2–377（376 aa）片段：Brox bro1 domain 2-377	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.71 Å R-free 0.251
3UM2 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–377（376 aa）片段：Brox bro1 domain 2-377 链 D 2–377（376 aa）片段：Brox bro1 domain 2-377	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
3ZXP Structural and Functional Analyses of the Bro1 Domain Protein BROX 提交 2011-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–401（401 aa）片段：BRO1, RESIDUES 1-401 链 B 1–401（401 aa）片段：BRO1, RESIDUES 1-401 链 C 1–401（401 aa）片段：BRO1, RESIDUES 1-401	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；22% PEG 1500, 0.1M MMT 6.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.247

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BROX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–411； UniProt 2–411

Charged multivesicular body protein 4b

Homo sapiens

UniProt Q9H444

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 121–224	片段：C-terminal tail of CHMP4B 121-224	BRO1 domain-containing protein BROX × 1 （Q5VW32）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；273 K；1.0M sodium citrate, 0.1M imidazol, 15% glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 3.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UM3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3C3Q ALIX Bro1-domain:CHMIP4B co-crystal structure 提交 2008-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 207–224（18 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 8,000, 100mM Na MES pH 6.5, 200mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
4ABM Crystal Structure of CHMP4B hairpin 提交 2011-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–97（75 aa）片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97 链 B 23–97（75 aa）片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.285
4ABM Crystal Structure of CHMP4B hairpin 提交 2011-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–97（75 aa）片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.285
4ABM Crystal Structure of CHMP4B hairpin 提交 2011-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–97（75 aa）片段：CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.285
5MK2 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4B peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 205–224（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6K	分辨率 1.70 Å R-free 0.203

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHM4B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–104； UniProt 121–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3um3
沉积日期 deposition_date	2011-11-12
结构标题 title	Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP4B
关键词 keywords	alpha-helix of C-terminal tail of CHMP4B, ESCRT-III, CHMPs, MEMBRANE PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex, BROX; MEMBRANE PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.67 Å
零角强度 I(0) i0	32670800.00
分子量 molecular_weight	44728.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56216 Å³
包络体积 envelope_volume	66411 Å³
水化壳体积 shell_volume	23940 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.12 Å
包络 Rg envelope_rg	25.20 Å
形状 Rg shape_rg	24.64 Å
总 Rg total_rg	25.39 Å
总原子数 total_atoms	3154
残基数 n_residues	395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.659
峰度 Kurtosis kurtosis	0.151
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8136000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.582; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.608; Smooth: 0.924

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BRO1 domain-containing protein BROX
分子量 formula_weight	46521.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3154

DTHWFHRNPLKATAPVSFNYYGVVTGPSASKICNDLRSSRARLLELFTDLSCNPEMMKNAADSYFSLLQGFINSLDESTQESKLRYIQNFKWTDTLQGQVPSAQQDAVFELISMGFNVALWYTKYASRLAGKENITEDEAKEVHRSLKIAAGIFKHLKESHLPKLITPAEKGRDLESRLIEAYVIQCQAEAQEVTIARAIELKHAPGLIAALAYETANFYQKADHTLSSLEPAYSAKWRKYLHLKMCFYTAYAYCYHGETLLASDKCGEAIRSLQEAEKLYAKAEALCKEYGETKGPGPTVKPSGHLFFRKLGNLVKNTLEKCQRENGFIYFQKIPTEAPQLELKANYGLVEPIPFEFPPTSVQWTPETLAAFDLTKRPKDDSTKPKPEEEVKPVKEPDIKPQKDTGCYIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Charged multivesicular body protein 4b
分子量 formula_weight	11699.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DNMDIDKVDELMQDIADQQELAEEISTAISKPVGFGEEFDEDELMAELEELEQEELDKNLLEISGPETVPLPNVPSIALPSKPAKKKEEEDDDMKELENWAGSM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3um3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.156 Å
晶胞边长 b length_b	138.156 Å
晶胞边长 c length_c	373.779 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.760 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/um/3um3/3um3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/um/3um3/3um3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/um/3um3/3um3.dat

Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP4B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRO1 domain-containing protein BROX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Charged multivesicular body protein 4b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)