3unc

Crystal Structure of Bovine Milk Xanthine Dehydrogenase to 1.65A Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthine dehydrogenase/oxidase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 2 DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 2-HYDROXYBENZOIC ACID × 2 GLYCEROL × 24 CARBONATE ION × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XDH_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1332； UniProt 1–1332 作者链 B； PDB构建体 1–1332； UniProt 1–1332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3unc
沉积日期 deposition_date	2011-11-15
结构标题 title	Crystal Structure of Bovine Milk Xanthine Dehydrogenase to 1.65A Resolution
关键词 keywords	Xanthine Dehydrogenase, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3unc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3unc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3unc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.86 Å
Rg（电子密度）	45.14 Å
总 Rg	45.20 Å
原子数	20350
残基数	2575
排除体积	363710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3unc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Xanthine dehydrogenase/oxidase
分子量 formula_weight	146970.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.1.4, 1.17.3.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	22475

MTADELVFFVNGKKVVEKNADPETTLLAYLRRKLGLRGTKLGCGEGGCGACTVMLSKYDRLQDKIIHFSANACLAPICTLHHVAVTTVEGIGSTKTRLHPVQERIAKSHGSQCGFCTPGIVMSMYTLLRNQPEPTVEEIEDAFQGNLCRCTGYRPILQGFRTFAKNGGCCGGNGNNPNCCMNQKKDHTVTLSPSLFNPEEFMPLDPTQEPIFPPELLRLKDVPPKQLRFEGERVTWIQASTLKELLDLKAQHPEAKLVVGNTEIGIEMKFKNQLFPMIICPAWIPELNAVEHGPEGISFGAACALSSVEKTLLEAVAKLPTQKTEVFRGVLEQLRWFAGKQVKSVASLGGNIITASPISDLNPVFMASGTKLTIVSRGTRRTVPMDHTFFPSYRKTLLGPEEILLSIEIPYSREDEFFSAFKQASRREDDIAKVTCGMRVLFQPGSMQVKELALCYGGMADRTISALKTTQKQLSKFWNEKLLQDVCAGLAEELSLSPDAPGGMIEFRRTLTLSFFFKFYLTVLKKLGKDSKDKCGKLDPTYTSATLLFQKDPPANIQLFQEVPNGQSKEDTVGRPLPHLAAAMQASGEAVYCDDIPRYENELFLRLVTSTRAHAKIKSIDVSEAQKVPGFVCFLSADDIPGSNETGLFNDETVFAKDTVTCVGHIIGAVVADTPEHAERAAHVVKVTYEDLPAIITIEDAIKNNSFYGSELKIEKGDLKKGFSEADNVVSGELYIGGQDHFYLETHCTIAIPKGEEGEMELFVSTQNAMKTQSFVAKMLGVPVNRILVRVKRMGGGFGGKETRSTLVSVAVALAAYKTGHPVRCMLDRNEDMLITGGRHPFLARYKVGFMKTGTIVALEVDHYSNAGNSRDLSHSIMERALFHMDNCYKIPNIRGTGRLCKTNLSSNTAFRGFGGPQALFIAENWMSEVAVTCGLPAEEVRWKNMYKEGDLTHFNQRLEGFSVPRCWDECLKSSQYYARKSEVDKFNKENCWKKRGLCIIPTKFGISFTVPFLNQAGALIHVYTDGSVLVSHGGTEMGQGLHTKMVQVASKALKIPISKIYISETSTNTVPNSSPTAASVSTDIYGQAVYEACQTILKRLEPFKKKNPDGSWEDWVMAAYQDRVSLSTTGFYRTPNLGYSFETNSGNAFHYFTYGVACSEVEIDCLTGDHKNLRTDIVMDVGSSLNPAIDIGQVEGAFVQGLGLFTLEELHYSPEGSLHTRGPSTYKIPAFGSIPTEFRVSLLRDCPNKKAIYASKAVGEPPLFLGASVFFAIKDAIRAARAQHTNNNTKELFRLDSPATPEKIRNACVDKFTTLCVTGAPGNCKPWSLRV

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER
分子量 formula_weight	395.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION
分子量 formula_weight	161.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-HYDROXYBENZOIC ACID
分子量 formula_weight	138.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1966

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3uncA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3uncA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — [2Fe-2S]-binding domain

结构域编号 domain_id	3uncA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	43 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	3uncA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3uncA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3uncA06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncA07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1170 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead

结构域编号 domain_id	3uncA08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncA09
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncA10
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3uncB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — [2Fe-2S]-binding domain

结构域编号 domain_id	3uncB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	43 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	3uncB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3uncB05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3uncB06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncB07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1170 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead

结构域编号 domain_id	3uncB08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncB09
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	3uncB10
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

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晶胞边长 a length_a	167.573 Å
晶胞边长 b length_b	124.370 Å
晶胞边长 c length_c	148.177 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1772
R_free r_free	0.1962

Crystal Structure of Bovine Milk Xanthine Dehydrogenase to 1.65A Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthine dehydrogenase/oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3unc__assembly_1__model_1

3unc__assembly_1__model_1 | I(q)

3unc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Bovine Milk Xanthine Dehydrogenase to 1.65A Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthine dehydrogenase/oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3unc__assembly_1__model_1

3unc__assembly_1__model_1 | I(q)

3unc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)