SAXSdb — 3v20

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease Bse634IR

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPCPGPCPAPCPCPGPGPTPGPCP*G)-3') ; × 2 CHLORIDE ION × 2 CALCIUM ION × 2 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 2 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(TPCPGPCPAPCPCPGPGPTPGPCP*G)-3') ; × 2 CALCIUM ION × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8RT53_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 B； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v20
沉积日期 deposition_date	2011-12-11
结构标题 title	Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA
关键词 keywords	RESTRICTION ENDONUCLEASE, protein-DNA complex, HYDROLASE, DNA BINDING PROTEIN, HYDROLASE-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN, HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v20__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v20__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v20__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.06 Å
Rg（电子密度）	25.47 Å
总 Rg	26.29 Å
原子数	5200
残基数	602
排除体积	91577 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v20__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3v20__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endonuclease Bse634IR
分子量 formula_weight	33762.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
突变 mutation	R226A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5389

MTTNLTNSNCVEEYKENGKTKIRIKPFNALIELYHHQTPTGSIKENLDKLENYVKDVVKAKGLAIPTSGAFSNTRGTWFEVMIAIQSWNYRVKRELNDYLIIKMPNVKTFDFRKIFDNETREKLHQLEKSLLTHKQQVRLITSNPDLLIIRQKDLIKSEYNLPINKLTHENIDVALTLFKDIEGKCKWDSLVAGVGLKTSLRPDRRLQLVHEGNILKSLFAHLKMAYWNPKAEFKYYGASSEPVSKADDDALQTAATHTIVNVNSTPERAVDDIFSLTSFEDIDKMLDQIIKK

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPCPAPCPCPGPGPTPGPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3968.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

TCGCACCGGTGCG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL
分子量 formula_weight	310.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3v20a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v20b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3v20A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v20B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	71.937 Å
晶胞边长 b length_b	87.387 Å
晶胞边长 c length_c	125.127 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	55.556 Å
R 因子 r_factor	0.2457
R_work r_work	0.2403
R_free r_free	0.2934

Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease Bse634IR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v20__assembly_2__model_1

3v20__assembly_2__model_1 | I(q)

3v20__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease Bse634IR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v20__assembly_2__model_1

3v20__assembly_2__model_1 | I(q)

3v20__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)