3v21

Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease Bse634IR

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;DNA (5'-D(TPTPCPGPAPCPCPGPGPTPCPGP*A)-3') ; × 4 water × 8	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;DNA (5'-D(TPTPCPGPAPCPCPGPGPTPCPGP*A)-3') ; × 4 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8RT53_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 B； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 C； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 D； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 E； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 F； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 G； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 H； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v21
沉积日期 deposition_date	2011-12-11
结构标题 title	Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA
关键词 keywords	RESTRICTION ENDONUCLEASE, protein-DNA complex, HYDROLASE, DNA BINDING PROTEIN, HYDROLASE-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN, HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v21__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v21__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.29 Å
Rg（电子密度）	38.03 Å
总 Rg	38.40 Å
原子数	10372
残基数	1204
排除体积	182590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v21__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3v21__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3v21__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3v21__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endonuclease Bse634IR
分子量 formula_weight	33762.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
突变 mutation	R226A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	22656

MTTNLTNSNCVEEYKENGKTKIRIKPFNALIELYHHQTPTGSIKENLDKLENYVKDVVKAKGLAIPTSGAFSNTRGTWFEVMIAIQSWNYRVKRELNDYLIIKMPNVKTFDFRKIFDNETREKLHQLEKSLLTHKQQVRLITSNPDLLIIRQKDLIKSEYNLPINKLTHENIDVALTLFKDIEGKCKWDSLVAGVGLKTSLRPDRRLQLVHEGNILKSLFAHLKMAYWNPKAEFKYYGASSEPVSKADDDALQTAATHTIVNVNSTPERAVDDIFSLTSFEDIDKMLDQIIKK

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPCPGPAPCPCPGPGPTPCPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3967.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P,R,S,V,X,Y,Z

TTCGACCGGTCGA

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3v21a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

结构域编号 domain_id	d3v21h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.7 — Cfr10I/Bse634I

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3v21A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3v21H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	106.880 Å
晶胞边长 b length_b	115.311 Å
晶胞边长 c length_c	130.243 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	65.090 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2670

Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease Bse634IR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v21__assembly_1__model_1

3v21__assembly_1__model_1 | I(q)

3v21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Type IIF restriction endonuclease Bse634I with cognate DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease Bse634IR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v21__assembly_1__model_1

3v21__assembly_1__model_1 | I(q)

3v21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)