SAXSdb — 3v47

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein

Eptatretus burgeri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Flagellin × 2 （Q06971） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3DIN1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–373； UniProt 22–390 作者链 B； PDB构建体 5–373； UniProt 22–390

Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein

Eptatretus burgeri

UniProt Q4G1L2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Flagellin × 2 （Q06971） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4G1L2_EPTBU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 374–448； UniProt 126–200 作者链 B； PDB构建体 374–448； UniProt 126–200

Flagellin

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin

UniProt Q06971

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein × 2 （B3DIN1,Q4G1L2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLIC_SALDU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–425； UniProt 48–466 作者链 D； PDB构建体 7–425； UniProt 48–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v47
沉积日期 deposition_date	2011-12-14
结构标题 title	Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in complex with Salmonella flagellin
关键词 keywords	Innate immunity, Leucine-rich repeat, innate immune receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v47__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v47__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.87 Å
Rg（电子密度）	40.56 Å
总 Rg	40.75 Å
原子数	11171
残基数	1461
排除体积	197820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v47__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein
分子量 formula_weight	51169.2 kDa
突变 mutation	V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11462

ADPGTSECSVIGYNAICINRGLHQVPELPAHVNYVDLSLNSIAELNETSFSRLQDLQFLKVEQQTPGLVIRNNTFRGLSSLIILKLDYNQFLQLETGAFNGLANLEVLTLTQCNLDGAVLSGNFFKPLTSLEMLVLRDNNIKKIQPASFFLNMRRFHVLDLTFNKVKSICEEDLLNFQGKHFTLLRLSSITLQDMNEYWLGWEKCGNPFKNTSITTLDLSGNGFKESMAKRFFDAIAGTKIQSLILSNSYNMGSSFGHTNFKDPDNFTFKGLEASGVKTCDLSKSKIFALLKSVFSHFTDLEQLTLAQNEINKIDDNAFWGLTHLLKLNLSQNFLGSIDSRMFENLDKLEVLDLSYNHIRALGDQSFLGLPNLKELALDTNQLKSVPDGIFDRLTSLQKIWLHTNPWDCSCPRIDYLSRWLNKNSQKEQGSAKCSGSGKPVRSIICPTSASLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Eptatretus burgeri
通用名 common_name	zebra fish, inshore hagfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7764
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Flagellin
分子量 formula_weight	44548.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSAKDPQAIANRFTSNIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQATNGTNSDSDLKSIQDEIQQRLEEIDRVSNQTQFNGVKVLSQDNQMKIQVGANDGETITIDLQKIDVKSLGLDGFNVNGPKEATVGDLKSSFKNVTGYDTYAAGADKYRVDINSGAVVTDAVAPDKVYVNAANGQLTTDDAENNTAVDLFKTTKSTAGTAEAKAIAGAIKGGKEGDTFDYKGVTFTIDTKTGDDGNGKVSTTINGEKVTLTVADIAIGAADVNAATLQSSKNVYTSVVNGQFTFDDKTKNESAKLSDLEANNAVKGESKITVNGAEYTANATGDKITLAGKTMFIDKTASGVSTLINEDAAAAKKSTANPLASIDSALSKVDAVRSSLGAIQNRFDSAITNLGNTVTNLNSARSRIED

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	98360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	291

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3v47C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3v47D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	58.406 Å
晶胞边长 b length_b	181.495 Å
晶胞边长 c length_c	186.367 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.470 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2231
R_work r_work	0.2212
R_free r_free	0.2592

Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in complex with Salmonella flagellin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Flagellin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v47__assembly_1__model_1

3v47__assembly_1__model_1 | I(q)

3v47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in complex with Salmonella flagellin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toll-like receptor 5b and variable lymphocyte receptor B.61 chimeric protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Flagellin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v47__assembly_1__model_1

3v47__assembly_1__model_1 | I(q)

3v47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)