3v4y

Crystal Structure of the first Nuclear PP1 holoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–307 片段:PP1 binding domain Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1 × 1 (Q12972) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 7–307 片段:PP1 binding domain Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1 × 1 (Q12972) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 7–307 片段:PP1 binding domain Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1 × 1 (Q12972) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 7–307 片段:PP1 binding domain Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1 × 1 (Q12972) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、85 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–306; UniProt 7–307 作者链 C; PDB构建体 6–306; UniProt 7–307 作者链 E; PDB构建体 6–306; UniProt 7–307 作者链 G; PDB构建体 6–306; UniProt 7–307

Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

Homo sapiens

UniProt Q12972

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 158–216 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 158–216 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 158–216 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 158–216 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;277 K;0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.10 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1R8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–62; UniProt 158–216 作者链 D; PDB构建体 4–62; UniProt 158–216 作者链 F; PDB构建体 4–62; UniProt 158–216 作者链 H; PDB构建体 4–62; UniProt 158–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3v4y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3v4y
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3v4y
沉积日期 deposition_date2011-12-15
结构标题 titleCrystal Structure of the first Nuclear PP1 holoenzyme
关键词 keywordsPP1, Ser/Thr phosphatase, NIPP1, IDP, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.05
零角强度 I(0) i0366951000.00
分子量 molecular_weight154910.0 kDa
排除体积 excluded_volume193460 ų
包络体积 envelope_volume244380 ų
水化壳体积 shell_volume56330 ų
包络直径 envelope_diameter113.3
壳层 Rg shell_rg43.07
包络 Rg envelope_rg34.76
形状 Rg shape_rg35.08
总 Rg total_rg35.49
总原子数 total_atoms21465
残基数 n_residues1340
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.7
Rg (实空间) rg_real35.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real3.6700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal367000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9016
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.3
偏度 Skewness skewness0.071
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha250900000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.913

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3v4ya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd3v4yc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd3v4yc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3v4ye_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd3v4yg1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd3v4yg2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3v4yA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3v4yB01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290
结构域编号 domain_id3v4yC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3v4yE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3v4yG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3v4yH01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)