← 返回搜索
3va2

Crystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alpha receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-5

Homo sapiens

UniProt P05113

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–134 链 B； UniProt 23–134 片段：UNP residues 23-134 Interleukin-5 receptor subunit alpha × 1 （Q01344） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；0.1M Na HEPES, 22% (v/v) PEG 4000, 2% i-Propanol, 6% (w/v) 1,6-Hexanediol , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.70 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3VA2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HUL A NOVEL DIMER CONFIGURATION REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION OF HUMAN INTERLEUKIN-5 提交 1995-03-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–131（108 aa）
链 B 24–131（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.369
3QT2 Structure of a cytokine ligand-receptor complex 提交 2011-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 19–134（116 aa）
链 D 19–134（116 aa）
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
3QT2 Structure of a cytokine ligand-receptor complex 提交 2011-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 19–134（116 aa）
链 F 19–134（116 aa）
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
8TLD Structure of the IL-5 Signaling Complex 提交 2023-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 20–134（115 aa）
链 D 20–134（115 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9GVN DEPEMOKIMAB FAB IN COMPLEX WITH INTERLEUKIN 5 提交 2024-09-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 20–134（115 aa）
链 B 20–134（115 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Morpheus EDO_P8K, Morpheus Carboxylic acids, Morpheus buffer system 2
分辨率 1.93 Å R-free 0.209

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–119； UniProt 23–134 作者链 B； PDB构建体 8–119； UniProt 23–134

Interleukin-5 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q01344

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 21–335 片段：ectodomain, UNP residues 21-335 Interleukin-5 × 2 （P05113） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；0.1M Na HEPES, 22% (v/v) PEG 4000, 2% i-Propanol, 6% (w/v) 1,6-Hexanediol , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.70 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3VA2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1OBX Crystal structure of the complex of PDZ2 of syntenin with an interleukin 5 receptor alpha peptide. 提交 2003-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 413–420（8 aa） 片段：LAST 8 RESIDUES, RESIDUES 413-420
未记录 CO COBALT (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP 0.1 M HEPES, PH 7.0, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM COCL2, 0.2 M MGSO4 WITH MICROSEEDIN
分辨率 1.35 Å R-free 0.212
1OBZ Crystal structure of the complex of the PDZ tandem of syntenin with an interleukin 5 receptor alpha peptide. 提交 2003-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 413–420（8 aa） 片段：LAST 8 RESIDUES, RESIDUES 413-420
未记录 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；SITTING DROP WITH 0.2 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 28% PEG4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
3QT2 Structure of a cytokine ligand-receptor complex 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–335（316 aa）
突变：C66A, K72M, L138M, K167M, L234M BGC beta-D-glucopyranose × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
3QT2 Structure of a cytokine ligand-receptor complex 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 20–335（316 aa）
突变：C66A, K72M, L138M, K167M, L234M BGC beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
6H41 Structure of the complex of the IL-5 inhibitory peptide AF17121 bound to the IL-5 receptor IL-5Ralpha 提交 2018-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 27–335（309 aa）
突变：C66A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；0.1 M sodium acetate pH 5.0, 3% (w/v) PEG 4000, 15% - 20% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.75 Å R-free 0.226
8TLD Structure of the IL-5 Signaling Complex 提交 2023-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 21–341（321 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL5RA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 8–322； UniProt 21–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3va2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3va2
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3va2
沉积日期 deposition_date2011-12-28
结构标题 titleCrystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alpha receptor
关键词 keywords;cytokine, eosinophilic, asthma, JAK/STAT, fibronectin III-like (Fn III) domain, canonical cytokine receptor homology module (CRM), B cell growth, Ig secretion, eosinophils proliferation, cell surface, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex ;; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.20 Å
零角强度 I(0) i057118900.00
分子量 molecular_weight59618.0 kDa
排除体积 excluded_volume75028 ų
包络体积 envelope_volume95307 ų
水化壳体积 shell_volume30239 ų
包络直径 envelope_diameter99.5 Å
壳层 Rg shell_rg33.29 Å
包络 Rg envelope_rg27.35 Å
形状 Rg shape_rg27.20 Å
总 Rg total_rg27.85 Å
总原子数 total_atoms4203
残基数 n_residues523
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.0 Å
Rg (实空间) rg_real28.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57120000.0000
解质量估计 total_estimate0.7891
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary37.0 Å
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.361
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11560000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3va2a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd3va2b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3va2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3va2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3va2C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3va2C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3va2C03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)