3vaf

Structure of U2AF65 variant with BrU3 DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Splicing factor U2AF 65 kDa subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 148–237 链 A； UniProt 258–336 链 B； UniProt 148–237 链 B； UniProt 258–336	片段：RNA Binding Domains 1 and 2	;DNA 5'-D(UPUP(BRU)P(BRU)PUPUPU)-3' ; × 2 DIO* 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.49 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VAF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JMT X-ray Structure of a Core U2AF65/U2AF35 Heterodimer 提交 2001-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 85–112（28 aa）	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；PEG mme5000, sodium acetate, 1,6-hexanediol, MES, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
1O0P Solution Structure of the third RNA Recognition Motif (RRM) of U2AF65 in complex with an N-terminal SF1 peptide 提交 2003-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 372–475（104 aa）片段：C-terminal RRM domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；295 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM salt；压力 ambient NMR样品组成 1mM 15N,13C U2AF65-RRM3 + 1mM unlabeled SF1_10-25, 30mM phosphate buffer, 20mM NaCL, 3mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM 15N,13C U2AF65-RRM3 + 1mM unlabeled SF1_10-25, 30mM phosphate buffer, 20mM NaCL, 3mM DTT \| 100% D2O	分辨率未提供
1OPI SOLUTION STRUCTURE OF THE THIRD RNA RECOGNITION MOTIF (RRM) OF U2AF65 IN COMPLEX WITH AN N-TERMINAL SF1 PEPTIDE 提交 2003-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 372–475（104 aa）片段：C-TERMINAL RRM DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；295 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM SALT；压力 AMBIENT NMR样品组成 1MM 15N,13C U2AF65-RRM3 + 1MM UNLABELED SF1_10-25, 30MM PHOSPHATE BUFFER, 20MM NACL, 3MM DTT \| D2O	分辨率未提供
1U2F SOLUTION STRUCTURE OF THE FIRST RNA-BINDING DOMAIN OF HU2AF65 提交 1999-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–237（90 aa）片段：FIRST RNA-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K	分辨率未提供
2G4B Structure of U2AF65 variant with polyuridine tract 提交 2006-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA binding domain 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA binding domain	突变：deletion of residues 238-258 突变：deletion of residues 238-258	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；.6 M ammonium sulfate, 100 mM 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid, sodium salt (MES) pH 6.5, 10% dioxane, 200 mM non-detergent sulfobetaine (NDSB) 195 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
2HZC Crystal structure of the N-terminal RRM of the U2AF large subunit 提交 2006-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–229（82 aa）片段：RRM 1	未记录	ZN ZINC ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；21% PEGmme550, 200mM Zn acetate, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.226
2HZC Crystal structure of the N-terminal RRM of the U2AF large subunit 提交 2006-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–229（82 aa）片段：RRM 1	未记录	ZN ZINC ION × 4 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；21% PEGmme550, 200mM Zn acetate, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.226
2M0G Structure, phosphorylation and U2AF65 binding of the Nterminal Domain of splicing factor 1 during 3 splice site Recognition 提交 2012-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 372–475（104 aa）片段：RRM 3 domain residues 372-475	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient NMR样品组成 100-600 uM [U-15N] protein, 100-600 uM [U-13C; U-15N] entity, 100-600 uM [U-13C; U-15N; U-2H] entity, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2U2F SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN OF HU2AF65 提交 1999-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 258–342（85 aa）片段：SECOND RNA-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K	分辨率未提供
2YH0 Solution structure of the closed conformation of human U2AF65 tandem RRM1 and RRM2 domains 提交 2011-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–342（195 aa）片段：TANDEM RRM1 AND RRM2 DOMAINS JOINED BY NATIVE LINKER, RESIDUES 148-342	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1.0 NMR样品组成 90% WATER/10% D2O	分辨率未提供
2YH1 Model of human U2AF65 tandem RRM1 and RRM2 domains with eight-site uridine binding 提交 2011-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 148–342（195 aa）片段：TANDEM RRM1 AND RRM2 DOMAINS JOINED BY NATIVE LINKER, RESIDUES 148-342	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1.0 NMR测量条件 pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1.0 NMR测量条件 pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1.0 NMR样品组成 90% WATER/10% D2O	分辨率未提供
3VAG Structure of U2AF65 variant with BrU3C2 DNA 提交 2011-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 6 SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 2 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.19 Å R-free 0.232
3VAH Structure of U2AF65 variant with BrU3C4 DNA 提交 2011-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4 SO4 SULFATE ION × 5 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
3VAI Structure of U2AF65 variant with BrU3C5 DNA 提交 2011-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 7 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
3VAJ Structure of U2AF65 variant with BrU5C6 DNA 提交 2011-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
3VAK Structure of U2AF65 variant with BrU5 DNA 提交 2011-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.17 Å R-free 0.229
3VAL Structure of U2AF65 variant with BrU5C1 DNA 提交 2011-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 D 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 D 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 I 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 I 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
3VAM Structure of U2AF65 variant with BrU5C2 DNA 提交 2011-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 148–237（90 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2 链 B 258–336（79 aa）片段：RNA Binding Domains 1 and 2	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, Deoxy-Big Chap, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
4FXW Structure of phosphorylated SF1 complex with U2AF65-UHM domain 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 375–475（101 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Lithium sulfate, 20% PEG 3350 and 0.1 M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.29 Å R-free 0.281
4FXW Structure of phosphorylated SF1 complex with U2AF65-UHM domain 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 375–475（101 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Lithium sulfate, 20% PEG 3350 and 0.1 M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.29 Å R-free 0.281
4TU7 Structure of U2AF65 D231V variant with BrU5 DNA 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–336（189 aa）链 B 148–336（189 aa）	突变：D231V 突变：D231V	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.6M AMMONIUM SULFATE, 10% DIOXANE, 0.1M MES PH 6.0, DEOXY-BIG CHAP	分辨率 2.09 Å R-free 0.223
4TU8 STRUCTURE OF U2AF65 VARIANT WITH BRU5A6 DNA 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–336（189 aa）片段：UNP residues 148-336 链 B 148–336（189 aa）片段：UNP residues 148-336	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 7 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 SO4 SULFATE ION × 3 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M AMMONIUM SULFATE, 10% DIOXANE, 0.1M MES PH 6.5, ETHYLENE GLYCOL, DEOXY-BIG CHAP	分辨率 1.92 Å R-free 0.218
4TU9 STRUCTURE OF U2AF65 VARIANT WITH BRU5G6 DNA 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–336（189 aa）片段：UNP residues 148-336 链 B 148–336（189 aa）片段：UNP residues 148-336	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M AMMONIUM SULFATE, 10% DIOXANE, 0.1M MES PH 6.5, DEOXY-BIG CHAP	分辨率 1.99 Å R-free 0.234
5EV1 Structure I of Intact U2AF65 Recognizing a 3' Splice Site Signal 提交 2015-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）片段：UNP residues 141-341	未记录	NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM phosphate-citrate buffer, 40% Peg400, 10% dioxane	分辨率 2.04 Å R-free 0.228
5EV2 Structure II of Intact U2AF65 Recognizing the 3' Splice Site Signal 提交 2015-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）片段：UNP residues 141-341	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；200 mM LiCl, 100 mM sodium citrate, 8% PEG 6000, 10% PEG 300, 10% Dioxane, Deoxy-BigCHAP	分辨率 1.86 Å R-free 0.188
5EV3 Structure III of Intact U2AF65 Recognizing the 3' Splice Site Signal 提交 2015-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）片段：UNP residues 141-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1M Succinic Acid, 0.1M, 1% PEG MME 2000	分辨率 1.50 Å R-free 0.186
5EV4 Structure IV of Intact U2AF65 Recognizing the 3' Splice Site Signal 提交 2015-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）片段：UNP RESIDUES 141-341	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1M Succinic Acid, 0.1M HEPES, 3% PEG MME 2000	分辨率 1.57 Å R-free 0.176
5W0G Structure of U2AF65 (U2AF2) RRM1 at 1.07 resolution 提交 2017-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–229（82 aa）片段：RNA RECOGNITION motif 1 (RRM1), residues 148-229	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；21% (w/v) PEG MME 550, 210 mM zinc acetate, 100 mM MES	分辨率 1.07 Å R-free 0.153
5W0H Structure of U2AF65 (U2AF2) RRM2 at 1.11 Angstrom Resolution 提交 2017-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 258–336（79 aa）片段：RNA Recognition Motif 2 (RRM2), residues 258-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；26% (w/v) PEG 8000, 0.1 M NaOAc, 0.2 mM TCEP, 10% (v/v) dioxane, 0.2 ul BigCHAP, 0.05 M potassium phosphate monobasic	分辨率 1.11 Å R-free 0.168
6TR0 Solution structure of U2AF2 RRM1,2 提交 2019-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–342（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] U2AF2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6XLV Crystal structure of leukemia-associated N196K mutant of U2AF65 bound to AdML splice site 提交 2020-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	突变：N196K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, 3.4 M sodium malonate pH 7, sucrose, LDAO	分辨率 1.40 Å R-free 0.169
6XLW Crystal structure of U2AF65 bound to AdML splice site sequence 提交 2020-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；1M Succinic Acid, 0.1M HEPES pH 7, 3% PEG MME 2000	分辨率 1.50 Å R-free 0.153
6XLX Crystal structure of cancer-associated G301D mutant of U2AF65 bound to AdML splice site 提交 2020-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	突变：G301D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% PEG 3350, 0.24 M Na malonate pH 7, 5% sucrose, Lauryldimethylamine oxide	分辨率 1.70 Å R-free 0.194
7S3A Crystal structure of intact U2AF65 RRM-region bound to AdML-C5 oligonucleotide 提交 2021-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；0.60 M succinic acid, 0.10 M Hepes pH 7.0, 2% Peg MME 2000	分辨率 1.48 Å R-free 0.157
7S3B Crystal structure of intact U2AF65 RRM-region bound to AdML-G5 oligonucleotide 提交 2021-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.24 M Na Malonate, 26% Peg 3350, n-dodecyl-N,N-dimethylamine-N-oxide (=LDAO)	分辨率 1.89 Å R-free 0.200
7S3C Crystal structure of intact U2AF65 RRM-region bound to AdML-A5 oligonucleotide 提交 2021-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；0.24 M malonate, 26% Peg 3350, 10% sucrose, LDAO	分辨率 1.51 Å R-free 0.190
7SN6 U2AF65 UHM BOUND TO SF3B155 ULM5 提交 2021-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 375–475（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 15% V/V 2-PROPANOL, 20% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7SN6 U2AF65 UHM BOUND TO SF3B155 ULM5 提交 2021-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 375–475（101 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 15% V/V 2-PROPANOL, 20% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8P25 Solution structure of a chimeric U2AF2 RRM2 / FUBP1 N-Box 提交 2023-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 231–342（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
9C7A Crystal structure of R149W neurodevelopmental disease-associated U2AF2 variant 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	突变：R149W	GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；24 M sodium malonate pH 7.0, 5% w/v sucrose, 25% w/v PEG 3350, with addition of 0.1 uL of 5% w/v LDAO detergent	分辨率 1.40 Å R-free 0.159
9C7B Crystal structure of R150H neurodevelopmental disease-associated U2AF2 variant 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 141–341（201 aa）	突变：R150H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；24 M sodium malonate pH 7.0, 5% w/v sucrose, 25% w/v PEG 3350, with addition of 0.1 uL of 5% w/v LDAO detergent	分辨率 1.40 Å R-free 0.167
9DWU CoREST complex bound to U2AF2 提交 2024-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 257–336（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.14 Å

共 39 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	U2AF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–95； UniProt 148–237 作者链 A； PDB构建体 96–174； UniProt 258–336 作者链 B； PDB构建体 6–95； UniProt 148–237 作者链 B； PDB构建体 96–174； UniProt 258–336

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vaf
沉积日期 deposition_date	2011-12-29
结构标题 title	Structure of U2AF65 variant with BrU3 DNA
关键词 keywords	RNA SPLICING FACTOR, RNA RECOGNITION MOTIF, RNA BINDING PROTEIN-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.47 Å
零角强度 I(0) i0	34030800.00
分子量 molecular_weight	43038.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52787 Å³
包络体积 envelope_volume	68927 Å³
水化壳体积 shell_volume	22681 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.89 Å
包络 Rg envelope_rg	28.71 Å
形状 Rg shape_rg	28.49 Å
总 Rg total_rg	28.75 Å
总原子数 total_atoms	2988
残基数 n_residues	354
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6011
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.631
峰度 Kurtosis kurtosis	0.109
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7606000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.576; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.480; Smooth: 0.876

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
分子量 formula_weight	19075.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3114

GPLGSARRLYVGNIPFGITEEAMMDFFNAQMRLGGLTQAPGNPVLAVQINQDKNFAFLEFRSVDETTQAMAFDGIIFQGQSLKIRRPHDYQPLPGAHKLFIGGLPNYLNDDQVKELLTSFGPLKAFNLVKDSATGLSKGYAFCEYVDINVTDQAIAGLNGMQLGDKKLLVQRAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA 5'-D(UPUP(BRU)P(BRU)PUPUP*U)-3' ;
分子量 formula_weight	2144.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,E

UUUUUUU

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE
分子量 formula_weight	862.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3vafA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3vafA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3vafB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3vafB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	164.296 Å
晶胞边长 b length_b	36.981 Å
晶胞边长 c length_c	99.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	125.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	20.510 Å
R 因子 r_factor	0.2361
R_work r_work	0.2305
R_free r_free	0.2886

fit	/app/data/saxs_computation/va/3vaf/3vaf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/va/3vaf/3vaf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/va/3vaf/3vaf.dat

Structure of U2AF65 variant with BrU3 DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Splicing factor U2AF 65 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)