← 返回搜索
3vfd

Human spastin AAA domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spastin

Homo sapiens

UniProt Q9UBP0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 228–616 片段：AAA domain 突变：E442Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；1.6M (NH3)2SO4, 0.1M MES monohydrate (pH 6.5),10% 1,4-dioxane and 4% benzamidine HCl, 1mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 3.30 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3VFD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 112–196（85 aa） 片段：UNP residues 112 to 196
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 112–196（85 aa） 片段：UNP residues 112 to 196
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 112–196（85 aa） 片段：UNP residues 112 to 196
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 112–196（85 aa） 片段：UNP residues 112 to 196
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 112–196（85 aa） 片段：UNP residues 112 to 196
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 112–196（85 aa） 片段：UNP residues 112 to 196
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5Z6Q Crystal structure of AAA of Spastin 提交 2018-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–616（388 aa） 片段：UNP residues 229-616
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3M (NH4)2SO4, 100mM NH4Cl
分辨率 3.00 Å R-free 0.276
5Z6R SPASTIN AAA WITH ATP 提交 2018-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–616（388 aa） 片段：UNP RESIDUES 229-616
突变：E442Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；25MM TRIS-HCL, 1MM DTT, 1MM MGCL2, 1MM ATP, 2% PEG 3350, 20MM KSCN
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
6PEK Structure of Spastin Hexamer (Subunit A-E) in complex with substrate peptide 提交 2019-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 87–584（498 aa）
链 B 87–584（498 aa）
链 C 87–584（498 aa）
链 D 87–584（498 aa）
链 E 87–584（498 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6PEN Structure of Spastin Hexamer (whole model) in complex with substrate peptide 提交 2019-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 87–584（498 aa）
链 B 87–584（498 aa）
链 C 87–584（498 aa）
链 D 87–584（498 aa）
链 E 87–584（498 aa）
链 F 87–584（498 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7S7J Structure of Human SPASTIN-IST1 complex. 提交 2021-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 112–195（84 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；278 K；40% v/v PEG 300, 100 mM Sodium cacodylate / Hydrochloric acid pH=6.5, 200 mM Calcium Acetate
分辨率 1.15 Å R-free 0.157

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPAST_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–389； UniProt 228–616

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3vfd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3vfd
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3vfd
沉积日期 deposition_date2012-01-09
结构标题 titleHuman spastin AAA domain
关键词 keywordsATPase, microtubule severing, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.62 Å
零角强度 I(0) i014792500.00
分子量 molecular_weight29438.0 kDa
排除体积 excluded_volume37195 ų
包络体积 envelope_volume47054 ų
水化壳体积 shell_volume18908 ų
包络直径 envelope_diameter77.3 Å
壳层 Rg shell_rg27.31 Å
包络 Rg envelope_rg22.10 Å
形状 Rg shape_rg21.58 Å
总 Rg total_rg22.58 Å
总原子数 total_atoms2068
残基数 n_residues266
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.4 Å
Rg (实空间) rg_real22.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8096
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.3 Å
偏度 Skewness skewness0.377
峰度 Kurtosis kurtosis-0.438
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3210000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 0.929; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.917; Smooth: 0.890
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3vfdA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3vfdA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)