Bacterial leucyl aminopeptidase
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 107–405 | 片段:UNP RESIDUES 107-405 | ZN ZINC ION × 2 HQY quinolin-8-ol × 1 NA SODIUM ION × 9 CL CHLORIDE ION × 9 SCN THIOCYANATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;100mM Tris-HCl, 100mM KSCN, 4.5M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | 分辨率 1.29 Å R-free 0.153 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3VH9 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AMP CRYSTAL STRUCTURE OF AEROMONAS PROTEOLYTICA AMINOPEPTIDASE: A PROTOTYPICAL MEMBER OF THE CO-CATALYTIC ZINC ENZYME FAMILY 提交 1994-04-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å |
| 1CP6 1-BUTANEBORONIC ACID BINDING TO AEROMONAS PROTEOLYTICA AMINOPEPTIDASE 提交 1999-06-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 BUB 1-BUTANE BORONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;100 MM TRIS PH 8.0, 100 MM KSCN, 4.5 M NACL
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.229 |
| 1FT7 AAP COMPLEXED WITH L-LEUCINEPHOSPHONIC ACID 提交 2000-09-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 PLU LEUCINE PHOSPHONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;KSCN, NaCl, Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 1IGB AEROMONAS PROTEOLYTICA AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR PARA-IODO-D-PHENYLALANINE HYDROXAMATE 提交 1996-02-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 IPO PARA-IODO-D-PHENYLALANINE HYDROXAMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 1LOK The 1.20 Angstrom Resolution Crystal Structure of the Aminopeptidase from Aeromonas proteolytica Complexed with Tris: A Tale of Buffer Inhibition 提交 2002-05-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;295 K;Tris, potassium thiocyanate, sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.198 |
| 1RTQ The 0.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of the Aminopeptidase from Aeromonas proteolytica 提交 2003-12-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–405(299 aa)
片段:Aminopeptidase
|
未记录 | SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;HEPES, Potassium Thiocyanate, Sodium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 0.95 Å R-free 0.151 |
| 1TXR X-ray crystal structure of bestatin bound to AAP 提交 2004-07-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–405(299 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 BES 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;tris, KSCN, NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.245 |
| 1XRY Crystal structure of Aeromonas proteolytica aminopeptidase in complex with bestatin 提交 2004-10-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–405(299 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 BES 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;NaCl, KSCN, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.197 |
| 2ANP Functional Glutamate 151 to Histidine mutant of the aminopeptidase from Aeromonas Proteolytica. 提交 2005-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
突变:E151H | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;298 K;4.5 M NaCL, 100 mM KSCN, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.205 |
| 2DEA Crystal Structure of the Aminopeptidase of Aeromonas proteolytica at pH 4.7 提交 2006-02-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–405(299 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.7;298 K;NaAcetate, KSCN, NaCl, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.163 |
| 2IQ6 Crystal Structure of the Aminopeptidase from Vibrio proteolyticus in Complexation with Leucyl-leucyl-leucine. 提交 2006-10-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
107–397(291 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;KSCN, NACL, TRIS, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, TRIS REPLACED BY HEPES
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 2NYQ Structure of Vibrio proteolyticus aminopeptidase with a bound Trp fragment of dLWCF 提交 2006-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
107–405(299 aa)
片段:Bacterial leucyl aminopeptidase, residues 97-405
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;296 K;5 d., 10/100/100 mM KSCN, 0.4/4.5/4.5 M NaCl, 10/100 mM Tris/100 mM Tricine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 2PRQ X-ray crystallographic characterization of the Co(II)-substituted Tris-bound form of the aminopeptidase from Aeromonas proteolytica 提交 2007-05-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:residues 107-397
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;100 mM Tris pH 8.0, 100 mM KSCN, 4.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298KK
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.273 |
| 3B35 Crystal structure of the M180A mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus 提交 2007-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:M286A | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 7 SCN THIOCYANATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, KSCN, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.166 |
| 3B3C Crystal structure of the M180A mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus in complex with leucine phosphonic acid 提交 2007-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:M286A | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 NA SODIUM ION × 6 PLU LEUCINE PHOSPHONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, KSCN, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.226 |
| 3B3S Crystal structure of the M180A mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus in complex with leucine 提交 2007-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:M286A | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 8 SCN THIOCYANATE ION × 2 LEU LEUCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, KSCN, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.196 |
| 3B3T Crystal structure of the D118N mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus 提交 2007-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:D224N | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 2 ILE ISOLEUCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, KSCN, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.17 Å R-free 0.161 |
| 3B3V Crystal structure of the S228A mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus 提交 2007-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:S334A | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 2 VAL VALINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, KSCN, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.22 Å R-free 0.171 |
| 3B3W Crystal structure of the S228A mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus in complex with leucine 提交 2007-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:S334A | ZN ZINC ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 LEU LEUCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, KSCN, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.234 |
| 3B7I Crystal structure of the S228A mutant of the aminopeptidase from Vibrio proteolyticus in complex with leucine phosphonic acid 提交 2007-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–397(291 aa)
片段:Residues 107-397
|
突变:S228A | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 PLU LEUCINE PHOSPHONIC ACID × 1 LEU LEUCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;HEPES, NaCl, KSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.209 |
| 3FH4 Crystal Structure of Recombinant Vibrio proteolyticus aminopeptidase 提交 2008-12-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
107–405(299 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;VpAP (0.5 mM) in 10 mM Tris buffer, pH 8.0, containing 10 mM KSCN and 400 mM NaCl was equilibrated with 100 mM Tris buffer, pH 8.0, containing 100 mM KSCN and 4.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.228 |
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| UniProt名称 | AMPX_VIBPR |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–299; UniProt 107–405 |