SAXSdb — 3vk7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase

Acanthamoeba polyphaga mimivirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(GPTPAPGPAPCPGPTPGPGPAPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPAP(OHU)PGPTPCPTPAPC)-3') ; × 1 FORMIC ACID × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(GPTPAPGPAPCPGPTPGPGPAPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPAP(OHU)PGPTPCPTPAPC)-3') ; × 1 FORMIC ACID × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FPG_MIMIV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vk7
沉积日期 deposition_date	2011-11-10
结构标题 title	Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hydroxyuracil
关键词 keywords	DNA glycosylase, hNEIL1 ortholog, DNA LESION, 5-Hydroxyuracil, Zincless finger, DNA binding, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vk7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vk7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.86 Å
Rg（电子密度）	20.84 Å
总 Rg	21.71 Å
原子数	2901
残基数	313
排除体积	50224 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vk7__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3vk7__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	34581.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.23, 4.2.99.18
突变 mutation	E3Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6313

MPQGPEVALTADILEKYFKGKTLEYIDFISGRYSKSEPEGYDDFIANLPLKVSNVDTKGKFLWFELFDPNDKSNKWYIWNTFGLTGMWSLFEAKYTRAVLSFDNELMAYFSDMRNFGTFKFSNSEKELKRKLNELGPDFLKNDDIDISKIKKYKQPIVALLMDQKKIGSGLGNYLVAEILYRAKIDPHKLGSNLTDQEIENLWYWIKYETKLAYDSNHIGYMVNLENESSKIGRKNYHPNIHPTEKEFDFLVYRKKKDPNGNKVIADKIIGSGKNKRTTYWAPAIQKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Acanthamoeba polyphaga mimivirus
通用名 common_name	APMV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	212035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPTPAPGPAPCPGPTPGPGPAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4056.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

GTAGACGTGGACG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPAP(OHU)PGPTPCPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3904.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

CGTCCAXGTCTAC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	456

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3vk7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3vk7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3vk7B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3vk7B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	39.703 Å
晶胞边长 b length_b	121.594 Å
晶胞边长 c length_c	81.121 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	28.296 Å
R 因子 r_factor	0.2179
R_work r_work	0.2128
R_free r_free	0.2662

Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hydroxyuracil

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vk7__assembly_1__model_1

3vk7__assembly_1__model_1 | I(q)

3vk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hydroxyuracil

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vk7__assembly_1__model_1

3vk7__assembly_1__model_1 | I(q)

3vk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)