3vke

Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(rC)-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(PAPCPCPCPCPA)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(PAPCPCPCPCPA)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(PAPCPCPCPCPA)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(PAPCPCPCPCPA)-3') ; × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCBP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–75； UniProt 14–86 作者链 B； PDB构建体 3–75； UniProt 14–86 作者链 C； PDB构建体 3–75； UniProt 14–86 作者链 D； PDB构建体 3–75； UniProt 14–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vke
沉积日期 deposition_date	2011-11-15
结构标题 title	Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides
关键词 keywords	PCBP-1, DNA RNA BINDING PROTEIN, KH DOMAIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vke__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vke__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vke__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	13.75 Å
Rg（电子密度）	12.64 Å
总 Rg	13.78 Å
原子数	706
残基数	82
排除体积	12288 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vke__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3vke__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3vke__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3vke__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poly(rC)-binding protein 1
分子量 formula_weight	8462.8 kDa
突变 mutation	C54S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2710

HMLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNSPERIITLTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPCPCPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1738.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R,S,T,U

ACCCCA

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3vkea1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

结构域编号 domain_id	d3vkea2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3vkea3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3vkeb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

结构域编号 domain_id	d3vkeb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3vkeb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3vkec1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

结构域编号 domain_id	d3vkec2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3vked1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

结构域编号 domain_id	d3vked2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3vkeA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	3vkeB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	3vkeC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	3vkeD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

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晶胞边长 a length_a	38.597 Å
晶胞边长 b length_b	114.887 Å
晶胞边长 c length_c	43.429 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	27.160 Å
R 因子 r_factor	0.1636
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.2134

Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(rC)-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vke__assembly_1__model_1

3vke__assembly_1__model_1 | I(q)

3vke__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(rC)-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vke__assembly_1__model_1

3vke__assembly_1__model_1 | I(q)

3vke__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)