SAXSdb — 3vkf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuroligin-1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 45–638 链 B； UniProt 45–638	片段：Acetylcholinesterase-like domain (UNP RESIDUES 45-638)	Neurexin-1-beta × 2 （Q28142） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.287
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 45–638	片段：Acetylcholinesterase-like domain (UNP RESIDUES 45-638)	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.287
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 45–638	片段：Acetylcholinesterase-like domain (UNP RESIDUES 45-638)	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VKF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BIW Crystal structure of the Neuroligin-1/Neurexin-1beta synaptic adhesion complex 提交 2007-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 A 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 A 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 D 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 D 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 D 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；8% PEG6000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.276
3BIW Crystal structure of the Neuroligin-1/Neurexin-1beta synaptic adhesion complex 提交 2007-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 B 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 B 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 C 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 C 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1 链 C 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain of Neuroligin-1	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；8% PEG6000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.276
3BIX Crystal structure of the extracellular esterase domain of Neuroligin-1 提交 2007-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain 链 A 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain 链 A 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain 链 C 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain 链 C 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain 链 C 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NI NICKEL (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；1.2 M tri-Sodium citrate, 0.1 M Tris, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.205
3BIX Crystal structure of the extracellular esterase domain of Neuroligin-1 提交 2007-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain 链 B 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain 链 B 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain 链 D 46–164（119 aa）片段：extracellular esterase domain 链 D 185–297（113 aa）片段：extracellular esterase domain 链 D 306–638（333 aa）片段：extracellular esterase domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NI NICKEL (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；1.2 M tri-Sodium citrate, 0.1 M Tris, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.205

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLGN1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–585； UniProt 45–638 作者链 B； PDB构建体 1–585； UniProt 45–638

Neurexin-1-beta

Bos taurus

UniProt Q28142

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 83–290 链 D； UniProt 83–290	片段：LNS domain (UNP RESIDUES 83-290)	Neuroligin-1 × 2 （Q62765） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.287
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 83–290	片段：LNS domain (UNP RESIDUES 83-290)	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.287
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 83–290	片段：LNS domain (UNP RESIDUES 83-290)	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRX1B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–180； UniProt 83–290 作者链 D； PDB构建体 3–180； UniProt 83–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vkf
沉积日期 deposition_date	2011-11-15
结构标题 title	Crystal Structure of Neurexin 1beta/Neuroligin 1 complex
关键词 keywords	Alpha/Beta Hydrolase, Beta-sandwich, Synapse Matulation, Calcium Binding, N-glycosylation, Membrane, Cell Adhesion; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.46 Å
零角强度 I(0) i0	371050000.00
分子量 molecular_weight	160240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	201090 Å³
包络体积 envelope_volume	266480 Å³
水化壳体积 shell_volume	53466 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.3 Å
壳层 Rg shell_rg	46.27 Å
包络 Rg envelope_rg	42.26 Å
形状 Rg shape_rg	42.41 Å
总 Rg total_rg	42.83 Å
总原子数 total_atoms	11320
残基数 n_residues	1441
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.5 Å
Rg (实空间) rg_real	42.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	371000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8725
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.839

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neuroligin-1
分子量 formula_weight	65351.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11320

SQKLDDVDPLVTTNFGKIRGIKKELNNEILGPVIQFLGVPYAAPPTGEHRFQPPEPPSPWSDIRNATQFAPVCPQNIIDGRLPEVMLPVWFTNNLDVVSSYVQDQSEDCLYLNIYVPTEDVKRISKECARKPGKKICRKGDIRDSGGPKPVMVYIHGGSYMEGTGNLYDGSVLASYGNVIVITVNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDLIQALRWTSENIGFFGGDPLRITVFGSGAGGSCVNLLTLSHYSEGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKYARILATKVGCNVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDVQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGVSASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMYTDWADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHCQTDQVPAWADAAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVPHLHNLND

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neurexin-1-beta
分子量 formula_weight	19560.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSGTTYIFSKGGGQITYKWPPNDRPSTRADRLAIGFSTVQKEAVLVRVDSSSGLGDYLELHIHQGKIGVKFNVGTDDIAIEESNAIINDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVIERYPAGRQLTIFNSQATIIIGGKEQGQPFQGQLSGLYYNGLKVLNMAAENDANIAIVGNVRLVGEVS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3vkfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3vkfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3vkfC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3vkfD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.261 Å
晶胞边长 b length_b	95.186 Å
晶胞边长 c length_c	120.396 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.910 Å
R 因子 r_factor	0.2137
R_work r_work	0.2052
R_free r_free	0.2869

fit	/app/data/saxs_computation/vk/3vkf/3vkf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vk/3vkf/3vkf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vk/3vkf/3vkf.dat

Crystal Structure of Neurexin 1beta/Neuroligin 1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuroligin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neurexin-1-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)