SAXSdb — 3vm6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor eIF-2B, delta subunit

Thermococcus kodakarensis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	1,5-di-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 20 CHLORIDE ION × 6 MAGNESIUM ION × 4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JFM9_PYRKO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–338； UniProt 1–322 作者链 B； PDB构建体 17–338； UniProt 1–322 作者链 C； PDB构建体 17–338； UniProt 1–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vm6
沉积日期 deposition_date	2011-12-08
结构标题 title	Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Thermococcus kodakarensis KOD1 in complex with alpha-D-ribose-1,5-bisphosphate
关键词 keywords	ROSSMANN FOLD, HEXAMER, ISOMERASE, AMP METABOLISM, SUGAR BINDING; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vm6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vm6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vm6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.29 Å
Rg（电子密度）	37.67 Å
总 Rg	37.96 Å
原子数	15553
残基数	1926
排除体积	280080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vm6__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Translation initiation factor eIF-2B, delta subunit
分子量 formula_weight	38370.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.-
突变 mutation	C133S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7930

MNHKVHHHHHHIEGRHMAVVKEVLEIAEKIKNMEIRGAGKIARSAAYALQLQAEKSKATNVDEFWKEMKQAAKILFETRPTAVSLPNALRYVMHRGKIAYSSGADLEQLRFVIINAAKEFIHNSEKALERIGEFGAKRIEDGDVIMTHSHSKAAISVMKTAWEQGKDIKVIVTETRPKWQGKITAKELASYGIPVIYVVDSAARHYMKMTDKVVMGADSITVNGAVINKIGTALIALTAKEHRVWTMIAAETYKFHPETMLGQLVEIEMRDPTEVIPEDELKTWPKNIEVWNPAFDVTPPEYVDVIITERGIIPPYAAIDILREEFGWALKYTEPWED

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,5-di-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose
分子量 formula_weight	310.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	153

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3vm6A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — translation initiation factor eif-2b, domain 1

结构域编号 domain_id	3vm6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2

结构域编号 domain_id	3vm6B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — translation initiation factor eif-2b, domain 1

结构域编号 domain_id	3vm6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2

结构域编号 domain_id	3vm6C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — translation initiation factor eif-2b, domain 1

结构域编号 domain_id	3vm6C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2

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晶胞边长 a length_a	146.537 Å
晶胞边长 b length_b	146.537 Å
晶胞边长 c length_c	99.649 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	45.970 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2620

Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Thermococcus kodakarensis KOD1 in complex with alpha-D-ribose-1,5-bisphosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor eIF-2B, delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vm6__assembly_1__model_1

3vm6__assembly_1__model_1 | I(q)

3vm6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Thermococcus kodakarensis KOD1 in complex with alpha-D-ribose-1,5-bisphosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor eIF-2B, delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vm6__assembly_1__model_1

3vm6__assembly_1__model_1 | I(q)

3vm6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)