SAXSdb — 3vmf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 1-alpha

Aeropyrum pernix

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptide chain release factor subunit 1 × 1 （Q9YAF1） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EF1A_AERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–440； UniProt 1–437

Peptide chain release factor subunit 1

Aeropyrum pernix

UniProt Q9YAF1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Elongation factor 1-alpha × 1 （Q9YAV0） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RF1_AERPE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–373； UniProt 1–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vmf
沉积日期 deposition_date	2011-12-12
结构标题 title	Archaeal protein
关键词 keywords	translation termination, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vmf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vmf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.40 Å
Rg（电子密度）	32.07 Å
总 Rg	32.54 Å
原子数	5999
残基数	778
排除体积	108020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vmf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor 1-alpha
分子量 formula_weight	49016.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6161

GSHMAEKPHMNLVVIGHVDHGKSTLVGHLLYRLGYIEEKKLKELEEQAKSRGKESFKFAWILDKMKEERERGITIDLTFMKFETKKYVFTIIDAPGHRDFVKNMITGASQADAAILVVSARKGEFEAGMSTEGQTREHLLLARTMGIEQIIVAVNKMDAPDVNYDQKRYEFVVSVLKKFMKGLGYQVDKIPFIPVSAWKGDNLIERSPNMPWYNGPTLVEALDQLQPPAKPVDKPLRIPVQNVYSIPGAGTVPVGRVETGVLRVGDKVVFMPPGVVGEVRSIEMHYQQLQQAEPGDNIGFAVRGVSKSDIKRGDVAGHLDKPPTVAEEFEARIFVIWHPSAITVGYTPVIHVHTASVSSRIIEIKAKLDPKTGQVVEQNPQFLKAGDAAIVRFKPVKPLVVEKFSEIPQLGRFAMRDMNRTVGIGIVTDVKPAKVDIKAK

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide chain release factor subunit 1
分子量 formula_weight	42005.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSQGRLEERLTISKRELARLLKELKKWSAPATVLLSLYIPPGRPLSDVMTLLRQEYSITDNIKLKRTRQAVKRALSAAMDRLQMLTSTPPNGLVLFCGEDMSTGKFECFMFSPPEPIRVFYYRTDKRFITDFLEDMVEDNNAIGIIIVERDQATIGLLKGARLEVLKELEGFVPGKHKMGGQSQRRYERIIEQMVDEFFKKVGEEASNLLVPLAEKGVLKGVIVAGPGLAKQEFVEGNYLDYRLKKILAPELVDVAYQGLQGLKEAVMKAEKVVEAQMYRDAVNAMEEFKLHLAKGTGMIVYGEKDVEAALEMGAVKTLLIHESREDLEEWVEKAKSSGAQVIVVPESLAEAEWFLKTFGGLAGILRFRISTV

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	162

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3vmfa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3vmfa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3vmfa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3vmfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3vmfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3vmfA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3vmfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	960 — Translation, Eukaryotic Peptide Chain Release Factor Subunit 1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — eRF1 domain 1

结构域编号 domain_id	3vmfB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — eRF1 domain 2

结构域编号 domain_id	3vmfB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

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晶胞边长 a length_a	176.567 Å
晶胞边长 b length_b	55.169 Å
晶胞边长 c length_c	90.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.498 Å
R 因子 r_factor	0.2042
R_work r_work	0.2013
R_free r_free	0.2606

Archaeal protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 1-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide chain release factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vmf__assembly_1__model_1

3vmf__assembly_1__model_1 | I(q)

3vmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Archaeal protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 1-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptide chain release factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vmf__assembly_1__model_1

3vmf__assembly_1__model_1 | I(q)

3vmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)