3vnt

Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with a [1,3]thiazolo[5,4-b]pyridine derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.5 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vascular endothelial growth factor receptor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 806–1171	片段：UNP residues 806-1171 突变：truncated residues 940-989	0JA 2-chloro-3-(1-cyanocyclopropyl)-N-[5-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-5-yl}oxy)-2-fluorophenyl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.64 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VNT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VR2 HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2 (KDR) KINASE DOMAIN 提交 1998-12-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：KINASE DOMAIN 链 A 990–1171（182 aa）片段：KINASE DOMAIN	突变：E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.40 Å
1Y6A Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 2-anilino-5-aryl-oxazole inhibitor 提交 2004-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）	未记录	AAZ N-[5-(ETHYLSULFONYL)-2-METHOXYPHENYL]-5-[3-(2-PYRIDINYL)PHENYL]-1,3-OXAZOL-2-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.217
1Y6B Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 2-anilino-5-aryl-oxazole inhibitor 提交 2004-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）	未记录	AAX N-(CYCLOPROPYLMETHYL)-4-(METHYLOXY)-3-({5-[3-(3-PYRIDINYL)PHENYL]-1,3-OXAZOL-2-YL}AMINO)BENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1YWN Vegfr2 in complex with a novel 4-amino-furo[2,3-d]pyrimidine 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：Kinase Domain	突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	LIF N-{4-[4-AMINO-6-(4-METHOXYPHENYL)FURO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL]PHENYL}-N'-[2-FLUORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.71 Å R-free 0.230
2M59 Spatial structure of dimeric VEGFR2 membrane domain in DPC micelles 提交 2013-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 B 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM VEGFR2tm, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VEGFR2tm, 48 mM [U-100% 2H] DPC, 20 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 3 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MET NMR spatial structure of the trimeric mutant TM domain of VEGFR2 receptor. 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 B 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 C 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795	突变：V11E 突变：V11E 突变：V11E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.6mM VEGFR-2tm769-1, 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VEGFR-2tm769-2, 120mM [U-100% 2H] DPC-3, 20mM [U-99% 2H] sodium acetate-4, 3mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MEU NMR spatial structure of mutant dimeric TM domain of VEGFR2 receptor 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795 链 B 759–795（37 aa）片段：UNP residues 759-795	突变：G12E, F19E 突变：G12E, F19E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.6mM v2e_707-1, 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] v2e_707-2, 120mM [U-100% 2H] DPC-3, 20mM [U-99% 2H] sodium acetate-4, 3mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2OH4 Crystal structure of Vegfr2 with a benzimidazole-urea inhibitor 提交 2007-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–940（135 aa）片段：kinase domain 链 A 992–1171（180 aa）片段：kinase domain	突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 GIG METHYL (5-{4-[({[2-FLUORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL)CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
2P2H Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridinyl-triazine inhibitor 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	994 4-(2-anilinopyridin-3-yl)-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1,3,5-triazin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
2P2I Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a nicotinamide inhibitor 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	608 N-(4-phenoxyphenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]nicotinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2P2I Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a nicotinamide inhibitor 提交 2007-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	608 N-(4-phenoxyphenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]nicotinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2QU5 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzimidazole inhibitor 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	276 4-[[2-[[4-chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-3H-benzimidazol-5-yl]oxy]-N-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 4000, lithum sulfate, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.251
2QU6 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzoxazole inhibitor 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 857 4-({2-[(4-chloro-3-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}phenyl)amino]-1,3-benzoxazol-5-yl}oxy)-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
2QU6 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzoxazole inhibitor 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	857 4-({2-[(4-chloro-3-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}phenyl)amino]-1,3-benzoxazol-5-yl}oxy)-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
2RL5 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a 2,3-dihydro-1,4-benzoxazine inhibitor 提交 2007-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：protein kinase domain, residues 940-989 deleted 链 A 990–1171（182 aa）片段：protein kinase domain, residues 940-989 deleted	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2RL N-(4-CHLOROPHENYL)-7-[(6,7-DIMETHOXYQUINOLIN-4-YL)OXY]-2,3-DIHYDRO-1,4-BENZOXAZINE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 4000, lithium sulfate, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.233
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326 链 N 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326	未记录	CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326 链 O 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326	未记录	CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1X CRYSTAL STRUCTURE OF VEGF-C IN COMPLEX WITH DOMAINS 2 AND 3 OF VEGFR2 IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 120–326（207 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326	未记录	HG MERCURY (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；100 MM NA-ACETATE BUFFER, PH 4.4-4.8, 50 MM CSCL, 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600	分辨率 3.10 Å R-free 0.334
2XIR Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with PF- 00337210 (N,2-dimethyl-6-(7-(2-morpholinoethoxy)quinolin-4-yloxy) benzofuran-3-carboxamide) 提交 2010-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-939,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-939,990-1171	突变：YES 突变：YES	00J N,2-DIMETHYL-6-{[7-(2-MORPHOLIN-4-YLETHOXY)QUINOLIN-4-YL]OXY}-1-BENZOFURAN-3-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；PROTEIN PRODUCTION, PROTEIN PURIFICATION, AND COCRYSTALLIZATION WERE PERFORMED AS PREVIOUSLY DESCRIBED (PUBLISHED INTERNATIONAL PATENT APPLICATION WO 2004/092217 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 13 DEGREES C. 2 MICROLITERS OF A 7.7 MG/ML PROTEIN SOLUTION (IN 50 MM HEPES 7.5, 30 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, AND 5% DMSO) WAS MIXED WITH 2 MICROLITERS OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 20% PEG 6K AND 5% MPD) AND SUSPENDED OVER 1 ML OF CRYSTALLIZATION SOLUTION PLUS 5 MICROLITERS BME.	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
3B8Q Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	900 N-(4-chlorophenyl)-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.276
3B8Q Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	900 N-(4-chlorophenyl)-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.276
3B8R Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 887 N-cyclopropyl-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3B8R Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	887 N-cyclopropyl-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3BE2 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzamide inhibitor 提交 2007-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain, residues 815-939 and 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain, residues 815-939 and 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RAJ N-{3-[3-(DIMETHYLAMINO)PROPYL]-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL}-4-METHYL-3-[(3-PYRIMIDIN-4-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
3C7Q Structure of VEGFR2 kinase domain in complex with BIBF1120 提交 2008-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 XIN methyl (3Z)-3-{[(4-{methyl[(4-methylpiperazin-1-yl)acetyl]amino}phenyl)amino](phenyl)methylidene}-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-6-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.1M HEPES, 2.1M Ammonium Sulphate, 3% PEG MME 550, 10mM Beta-Mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3CJF Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 3,4,5-trimethoxy aniline containing pyrimidine 提交 2008-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：kinase domain; residues 806-939 and 994-1168 链 A 994–1168（175 aa）片段：kinase domain; residues 806-939 and 994-1168	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 SAV N~4~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)-N~2~-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.15 Å R-free 0.258
3CJG Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 3,4,5-trimethoxy aniline containing pyrimidine 提交 2008-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：Kinase domain; residues 806-939 and 994-1168 链 A 994–1168（175 aa）片段：Kinase domain; residues 806-939 and 994-1168	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 KIM N~4~-methyl-N~4~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)-N~2~-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
3CP9 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 A 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C19 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-1-(3,3-dimethylindolin-6-yl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3CP9 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 B 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C19 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-1-(3,3-dimethylindolin-6-yl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3CPB Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a bisamide inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 A 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C92 N'-(6-aminopyridin-3-yl)-N-(2-cyclopentylethyl)-4-methyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
3CPB Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a bisamide inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 B 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C92 N'-(6-aminopyridin-3-yl)-N-(2-cyclopentylethyl)-4-methyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
3CPC Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 A 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C52 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3CPC Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED 链 B 990–1171（182 aa）片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C52 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3DTW Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzisoxazole inhibitor 提交 2008-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A96 6-chloro-N-pyrimidin-5-yl-3-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-1,2-benzisoxazole-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, HEPES, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3DTW Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzisoxazole inhibitor 提交 2008-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A96 6-chloro-N-pyrimidin-5-yl-3-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-1,2-benzisoxazole-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, HEPES, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3EFL Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with motesanib 提交 2008-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171	突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	706 N-(3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3EFL Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with motesanib 提交 2008-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 815–939（125 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171 链 B 990–1171（182 aa）片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171	突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	706 N-(3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3EWH Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridyl-pyrimidine benzimidazole inhibitor 提交 2008-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–939（125 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：UNP residues 815-939, 990-1171	突变：C817A, V916T, E990V 突变：C817A, V916T, E990V	K11 N-[4-({3-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl}oxy)naphthalen-1-yl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3KVQ Crystal structure of VEGFR2 extracellular domain D7 提交 2009-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 657–764（108 aa）片段：Extracellular Domain 7	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；Succinic Acid 0.2M, pH7 PEG3350 18%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3S35 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 220–338（119 aa）片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338	未记录	CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；100 mM CdCl2, 100 mM Na acetate, pH 4.6, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3S36 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 220–338（119 aa）片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M imidazole, pH 6.5; 0.1 M CaCl2, 40% PEG 1500, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.332
3S37 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 220–338（119 aa）片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 0.1 M CaCl2, 40% PEG 1500, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
3U6J Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyrazolone inhibitor 提交 2011-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 815–1171（357 aa）片段：unp residues 815-1171	突变：V916T, E990V	03X N-{4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]-3-fluorophenyl}-1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；17% PEG 5000 monomethyl ether, 75 mM ammonium sulfate, 25 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, 8% isopropanol, 40 mM beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.230
3V2A VEGFR-2/VEGF-A COMPLEX STRUCTURE 提交 2011-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–764（764 aa）片段：UNP residues 1-764	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.300
3V6B VEGFR-2/VEGF-E complex structure 提交 2011-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 132–548（417 aa）片段：VEGFR-2, UNP residues 132-548	突变：Ig-domains 2-3	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 6.5), 0.8 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.276
3VHE Crystal structure of human VEGFR2 kinase domain with a novel pyrrolopyrimidine inhibitor. 提交 2011-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 811–1169（359 aa）片段：KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 811-1169)	未记录	42Q 1-{2-fluoro-4-[(5-methyl-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-yl)oxy]phenyl}-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.3M tri-sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
3VHK Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a back pocket binder 提交 2011-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：UNP RESIDUES 806-1171	未记录	BPK {3-[(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy]phenyl}methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.262
3VID Crystal structure of human VEGFR2 kinase domain with Compound A. 提交 2011-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 813–1168（356 aa）片段：KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 813-1168)	未记录	4TT 4,5,6,11-tetrahydro-1H-pyrazolo[4',3':6,7]cyclohepta[1,2-b]indole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1.3M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3VO3 Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with imidazo[1,2-b]pyridazine derivative 提交 2012-01-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：UNP residues 806-1171	突变：truncated residues 940-989	0KF N-[3-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]imidazo[1,2-b]pyridazin-6-yl}oxy)phenyl]-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M trisHCl pH 8.5, 1.2M tri-sodium citrate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.52 Å R-free 0.182
3WZD KDR in complex with ligand lenvatinib 提交 2014-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 814–1172（359 aa）片段：kinase domain (UNP RESIDUES 814-940, 991-1172)	突变：T940V	LEV 4-{3-chloro-4-[(cyclopropylcarbamoyl)amino]phenoxy}-7-methoxyquinoline-6-carboxamide × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；277 K；0.1M CHES,5-20% PEG 8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.57 Å R-free 0.212
3WZE KDR in complex with ligand sorafenib 提交 2014-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 814–1172（359 aa）片段：kinase domain (UNP RESIDUES 814-940, 991-1172)	突变：T940V	BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；10-25% PEG 3350, Na3Citrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE VEGFR2 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH AXITINIB (AG-013736) (N-Methyl-2-(3-((E)-2-pyridin-2-yl-vinyl)-1H- indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide) 提交 2012-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-940,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-940,990-1171	突变：YES 突变：YES	AXI AXITINIB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；CRYSTALS WERE GROWN AT 4 OR 13 C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION BY MIXING 2 MICORLITERS OF PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX SOLUTION WITH 2 MICROLITERS OF MOTHER LIQUOR (100 MM HEPES (PH 7.5), 200 MM AMMONIUM SULFATE, 5% (V/V) MPD, AND 15-20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (MW = 6000)). BEFORE SEALING THE COVERSLIPS ABOVE THE RESERVOIRS, BETA-MERCAPTOETHANOL WAS ADDED TO THE RESERVOIRS TO A FINAL CONCENTRATION OF 60 MM. THIS PROCEDURE PRODUCED MICROCRYSTALS THAT WERE SUBSEQUENTLY USED TO SEED MORE CRYSTALLIZATION DROPS AFTER 12-18 HOURS OF EQUILIBRATION.	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
4AGC CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH AXITINIB (AG-013736) (N-Methyl-2-(3-((E)-2-pyridin-2-yl- vinyl)-1H-indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide) 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–939（153 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171	突变：YES 突变：YES	AXI AXITINIB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；286 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 13 DEGREES C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING: 0.2M SODIUM CITRATE (PH 6.0 -6.5) AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MW = 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4AGD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH SUNITINIB (SU11248) (N-2-diethylaminoethyl)-5-((Z)-(5- fluoro-2-oxo-1H-indol-3-ylidene)methyl)-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3- carboxamide) 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–939（153 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171	突变：YES 突变：YES	B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 13 DEGREES C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING: 0.222 M SODIUM CITRATE (PH 6.3) AND 17% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.307
4ASD Crystal Structure of VEGFR2 (Juxtamembrane and Kinase Domains) in Complex with SORAFENIB (BAY 43-9006) 提交 2012-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–939（153 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939 AND RESIDUES 990-1171 链 A 990–1171（182 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939 AND RESIDUES 990-1171	突变：YES 突变：YES	BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING APPROXIMATELY: 0.2M SODIUM CITRATE AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350., pH 6.2	分辨率 2.03 Å R-free 0.230
4ASE CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH TIVOZANIB (AV-951) 提交 2012-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 787–1171（385 aa）片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-1171	突变：YES	AV9 TIVOZANIB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C BY THE USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING APPROXIMATELY: 0.2M SODIUM CITRATE AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350., pH 6.2	分辨率 1.83 Å R-free 0.231
5EW3 Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：kinase domain, residues 806-1171	突变：E990V	5T2 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5EW3 Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 806–1171（366 aa）片段：kinase domain, residues 806-1171	突变：E990V	5T2 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5OYJ Crystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b 提交 2017-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 326–549（224 aa）链 D 326–549（224 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；0.2 M calcium acetate monohydrate, 15% PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.4, cryoprotected with 15% trehalose	分辨率 2.38 Å R-free 0.229
6GQO Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 18) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）链 A 991–1171（181 aa）	未记录	F82 2-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxy-2-methoxy-phenyl]-~{N}-(1-propan-2-ylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；8 % PEG 8000, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.87 Å R-free 0.207
6GQP Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 23) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）	未记录	F88 ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(1-ethylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；7 % PEG 8000, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane) pH 7.8	分辨率 2.09 Å R-free 0.234
6GQQ Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 35) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–939（134 aa）链 A 991–1171（181 aa）	未记录	F8B ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(4-propan-2-yl-1,2,3-triazol-1-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；5 % PEG 8000, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane) pH 7.2	分辨率 1.52 Å R-free 0.204
6XVJ Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor 提交 2020-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：protein kinase domain (807-1171 del[940-989])	突变：E990V	O35 ~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；25 % PEG550MME, 0.1 M NaCl, 0.1 M TRIS buffer pH 8.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.215
6XVK Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor bearing an acrylamide 提交 2020-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–1171（366 aa）片段：protein kinase domain (807-1171 del[940-989])	突变：E990V	O3E ~{N}-(4,4-dimethyl-2-prop-1-ynyl-3,1-benzoxazin-6-yl)-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；11 % PEG8000, 0.1 M PCTP buffer pH 6.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.244

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGFR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–318； UniProt 806–1171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vnt
沉积日期 deposition_date	2012-01-17
结构标题 title	Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with a [1,3]thiazolo[5,4-b]pyridine derivative
关键词 keywords	vegfr2, kinase domain, Tyrosin-protein kinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.61 Å
零角强度 I(0) i0	39499200.00
分子量 molecular_weight	32684.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31711 Å³
包络体积 envelope_volume	51619 Å³
水化壳体积 shell_volume	21610 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.38 Å
包络 Rg envelope_rg	19.99 Å
形状 Rg shape_rg	19.60 Å
总 Rg total_rg	20.30 Å
总原子数 total_atoms	2472
残基数 n_residues	301
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.221
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7728000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vascular endothelial growth factor receptor 2
分子量 formula_weight	36352.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	truncated residues 940-989
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2757

GAMDPDELPLDEHCERLPYDASKWEFPRDRLKLGKPLGRGAFGQVIEADAFGIDKTATCRTVAVKMLKEGATHSEHRALMSELKILIHIGHHLNVVNLLGACTKPGGPLMVIVEFCKFGNLSTYLRSKRNEFVPYKEAPEDLYKDFLTLEHLICYSFQVAKGMEFLASRKCIHRDLAARNILLSEKNVVKICDFGLARDIYKDPDYVRKGDARLPLKWMAPETIFDRVYTIQSDVWSFGVLLWEIFSLGASPYPGVKIDEEFCRRLKEGTRMRAPDYTTPEMYQTMLDCWHGEPSQRPTFSELVEHLGNLLQANAQQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-chloro-3-(1-cyanocyclopropyl)-N-[5-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-5-yl}oxy)-2-fluorophenyl]benzamide
分子量 formula_weight	548.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3vnta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3vntA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3vntA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	135.615 Å
晶胞边长 b length_b	56.618 Å
晶胞边长 c length_c	51.819 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.640 Å
最低分辨率 resolution_low	37.330 Å
R 因子 r_factor	0.1535
R_work r_work	0.1515
R_free r_free	0.1920

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