SAXSdb — 3vnv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

Escherichia phage Qbeta

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(CPCPCPUPAPCPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPUPAPGPGP*G)-3') ; × 1 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 285–678； UniProt 1–394

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

Escherichia phage Qbeta

UniProt P0A6P3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(CPCPCPUPAPCPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPUPAPGPGP*G)-3') ; × 1 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTS_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

Escherichia phage Qbeta

UniProt Q8LTE0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(CPCPCPUPAPCPC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPUPAPGPGP*G)-3') ; × 1 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8LTE0_BPQBE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 695–1283； UniProt 1–589

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vnv
沉积日期 deposition_date	2012-01-18
结构标题 title	Complex structure of viral RNA polymerase II
关键词 keywords	RNA POLYMERASE, TRANSLATION, TRANSFERASE-RNA COMPLEX; TRANSLATION, TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vnv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vnv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.30 Å
Rg（电子密度）	36.07 Å
总 Rg	36.60 Å
原子数	9633
残基数	1218
排除体积	170420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vnv__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase
分子量 formula_weight	141417.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9680

MAEITASLVKELRERTGAGMMDCKKALTEANGDIELAIENMRKSGAIKAAKKAGNVAADGVIKTKIDGNYGIILEVNCQTDFVAKDAGFQAFADKVLDAAVAGKITDVEVLKAQFEEERVALVAKIGENINIRRVAALEGDVLGSYQHGARIGVLVAAKGADEELVKHIAMHVAASKPEFIKPEDVSAEVVEKEYQVQLDIAMQSGKPKEIAEKMVEGRMKKFTGEVSLTGQPFVMEPSKTVGQLLKEHNAEVTGFIRFEVGEGIEKVETDFAAEVAAMSKQSHMSKEKFERTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAITTVLAKTYGGAARAFDQIDNAPEEKARGITINTSHVEYDTPTRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGAILVVAATDGPMPQTREHILLGRQVGVPYIIVFLNKCDMVDDEELLELVEMEVRELLSQYDFPGDDTPIVRGSALKALEGDAEWEAKILELAGFLDSYIPEPERAIDKPFLLPIEDVFSISGRGTVVTGRVERGIIKVGEEVEIVGIKETQKSTCTGVEMFRKLLDEGRAGENVGVLLRGIKREEIERGQVLAKPGTIKPHTKFESEVYILSKDEGGRHTPFFKGYRPQFYFRTTDVTGTIELPEGVEMVMPGDNIKMVVTLIHPIAMDDGLRFAIREGGRTVGAGVVAKVLSGASGAAGGGGSGGGGSMSKTASSRNSLSAQLRRAANTRIEVEGNLALSIANDLLLAYGQSPFNSEAECISFSPRFDGTPDDFRINYLKAEIMSKYDDFSLGIDTEAVAWEKFLAAEAECALTNARLYRPDYSEDFNFSLGESCIHMARRKIAKLIGDVPSVEGMLRHCRFSGGATTTNNRSYGHPSFKFALPQACTPRALKYVLALRASTHFDIRISDISPFNKAVTVPKNSKTDRCIAIEPGWNMFFQLGIGGILRDRLRCWGIDLNDQTINQRRAHEGSVTNNLATVDLSAASDSISLALCELLLPPGWFEVLMDLRSPKGRLPDGSVVTYEKISSMGNGYTFELESLIFASLARSVCEILDLDSSEVTVYGDDIILPSCAVPALREVFKYVGFTTNTKKTFSEGPFRESCGKHYYSGVDVTPFYIRHRIVSPADLILVLNNLYRWATIDGVWDPRAHSVYLKYRKLLPKQLQRNTIPDGYGDGALVGSVLINPFAKNRGWIRYVPVITDHTRDRERAELGSYLYDLFSRCLSESNDGLPLRGPSGCDSADLFAIDQLICRSNPTKISRSTGKFDIQYIACSSRVLAPYGVFQGTKVASLHEAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Qbeta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39803
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(CPCPCPUPAPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2116.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCCUACC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPGPGPUPAPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2661.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGGUAGGG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3vnvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3vnvA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3vnvA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

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晶胞边长 a length_a	139.730 Å
晶胞边长 b length_b	256.040 Å
晶胞边长 c length_c	101.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.604 Å
最低分辨率 resolution_low	19.936 Å
R 因子 r_factor	0.2227
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2794

Complex structure of viral RNA polymerase II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vnv__assembly_1__model_1

3vnv__assembly_1__model_1 | I(q)

3vnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of viral RNA polymerase II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongation factor Ts, Elongation factor Tu, LINKER, Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vnv__assembly_1__model_1

3vnv__assembly_1__model_1 | I(q)

3vnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)