SAXSdb — 3vsq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–74 链 A； UniProt 200–381	片段：UNP residues 53-74, 200-381 突变：E236R	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15%(v/v) ethanol, 0.1M HEPE-NaOH, 0.2M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VSQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3AGW Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2 in the absence of Na+ 提交 2010-04-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–74（22 aa）片段：residues 53-74, 200-381 链 A 200–381（182 aa）片段：residues 53-74, 200-381	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 EOH ETHANOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；7.5-12.5% EtOH, 0.1M Imidazole-HCl, 0.1M MgCl2, 0.003M spermine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
4KFM Crystal structure of the G protein-gated inward rectifier K+ channel GIRK2 (Kir3.2) in complex with the beta-gamma G protein subunits 提交 2013-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 52–380（329 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 K POTASSIUM ION × 20 NA SODIUM ION × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293.15 K；600 mM NaK tartrate, 50 mM Na-ADA, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K	分辨率 3.45 Å R-free 0.265

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8C4T8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–26； UniProt 53–74 作者链 A； PDB构建体 27–208； UniProt 200–381

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vsq
沉积日期 deposition_date	2012-05-02
结构标题 title	Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2 E236R Mutant in the presence of ethanol
关键词 keywords	immunoglobulin-like fold, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.60 Å
零角强度 I(0) i0	9471320.00
分子量 molecular_weight	22568.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28238 Å³
包络体积 envelope_volume	34816 Å³
水化壳体积 shell_volume	16324 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.13 Å
包络 Rg envelope_rg	19.01 Å
形状 Rg shape_rg	18.57 Å
总 Rg total_rg	19.58 Å
总原子数 total_atoms	1585
残基数 n_residues	197
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4710e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9471000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8586
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.377
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.158
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1338000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
分子量 formula_weight	23777.1 kDa
突变 mutation	E236R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1688

GSHMRKIQRYVRKDGKCNVHHGNVREKRAETLVFSTHAVISMRDGKLCLMFRVGDLRNSHIVRASIRAKLIKSKQTSEGEFIPLNQTDINVGYYTGDDRLFLVSPLIISHEINQQSPFWEISKAQLPKEELEIVVILEGMVEATGMTCQARSSYITSEILWGYRFTPVLTLEDGFYEVDYNSFHETYETSTPSLSAKELAELANRAEL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3vsqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.16 — Cytoplasmic domain of inward rectifier potassium channel

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3vsqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — G protein-activated inward rectifier potassium channel 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.863 Å
晶胞边长 b length_b	85.863 Å
晶胞边长 c length_c	73.046 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2163
R_work r_work	0.2163
R_free r_free	0.2592

fit	/app/data/saxs_computation/vs/3vsq/3vsq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vs/3vsq/3vsq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vs/3vsq/3vsq.dat

Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2 E236R Mutant in the presence of ethanol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction