SAXSdb — 3vx8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Autophagy-related protein 3 × 1 （Q0WWQ1） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Autophagy-related protein 3 × 1 （Q0WWQ1） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG7_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–323； UniProt 7–325 作者链 D； PDB构建体 5–323； UniProt 7–325

Autophagy-related protein 3

Arabidopsis thaliana

UniProt Q0WWQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7 × 1 （Q94CD5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7 × 1 （Q94CD5） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG3_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–292； UniProt 26–313 作者链 C； PDB构建体 5–292； UniProt 26–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vx8
沉积日期 deposition_date	2012-09-11
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana Atg7NTD-Atg3 complex
关键词 keywords	E1-E2 complex, Ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vx8__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vx8__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vx8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.62 Å
Rg（电子密度）	23.71 Å
总 Rg	24.78 Å
原子数	3771
残基数	472
排除体积	67351 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vx8__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3vx8__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7
分子量 formula_weight	36012.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	7608

GPHMPAIILQFAPLNSSVDEGFWHSFSSLKLDKLGIDDSPISITGFYGPCGHPQVSNHLTLLSESLPLDEQSLIASTSHGNRNKCPVPGILYNTNTVESFNKLDKQSLLKAEANKIWEDIQSGKALEDPSVLPRFLVISFADLKKWSFRYWFAFPAFVLDPPVSLIELKPASEYFSSEEAESVSAACNDWRDSDLTTDVPFFLVSVSSDSKASIRHLKDLEACQGDHQKLLFGFYDPCHLPSNPGWPLRNYLALIRSRWNLETVWFFCYRESRGFADLNLSLVGQASITLSSGESAETVPNSVGWELNKGKRVPRSISLANSM

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Autophagy-related protein 3
分子量 formula_weight	33010.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

GPHMAFKEKGVLSVSEFVLAGDNLVSKCPTWSWESGDASKRKPYLPSDKQFLITRNVPCLRRAASVAEDYEAAGGEVLVDDEDNDGWLATHGKPKDKGKEEDNLPSMDALDINEKNTIQSIPTYFGGEEDDDIPDMEEFDEADNVVENDPATLQSTYLVAHEPDDDNILRTRTYDLSITYDKYYQTPRVWLTGYDESRMLLQPELVMEDVSQDHARKTVTIEDHPHLPGKHASVHPCRHGAVMKKIIDVLMSRGVEPEVDKYLFLFLKFMASVIPTIEYDYTMDFDLGSSST

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3vx8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3vx8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3vx8D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3vx8D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	101.520 Å
晶胞边长 b length_b	132.683 Å
晶胞边长 c length_c	102.805 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	34.850 Å
R 因子 r_factor	0.2287
R_work r_work	0.2261
R_free r_free	0.2777

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Atg7NTD-Atg3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Autophagy-related protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vx8__assembly_2__model_1

3vx8__assembly_2__model_1 | I(q)

3vx8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Atg7NTD-Atg3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Autophagy-related protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vx8__assembly_2__model_1

3vx8__assembly_2__model_1 | I(q)

3vx8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)