3vyg

Crystal structure of Thiocyanate hydrolase mutant R136W

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase subunit alpha

Thiobacillus thioparus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit beta × 4 （O66186） Thiocyanate hydrolase subunit gamma × 4 （O66188） COBALT (III) ION × 4 L(+)-TARTARIC ACID × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNA_THITI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 G； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 J； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Thiocyanate hydrolase subunit beta

Thiobacillus thioparus

UniProt O66186

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit alpha × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase subunit gamma × 4 （O66188） COBALT (III) ION × 4 L(+)-TARTARIC ACID × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNB_THITI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 E； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 H； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 K； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

Thiocyanate hydrolase subunit gamma

Thiobacillus thioparus

UniProt O66188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit alpha × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase subunit beta × 4 （O66186） COBALT (III) ION × 4 L(+)-TARTARIC ACID × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNC_THITI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 F； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 I； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 L； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vyg
沉积日期 deposition_date	2012-09-25
结构标题 title	Crystal structure of Thiocyanate hydrolase mutant R136W
关键词 keywords	Thiocyanate hydrolase, Cysteine-sulfenic acid, Cysteine-sulfic acid, metalloenzyme, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vyg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vyg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vyg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.51 Å
Rg（电子密度）	37.87 Å
总 Rg	38.41 Å
原子数	15746
残基数	1944
排除体积	279430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vyg__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase subunit alpha
分子量 formula_weight	14507.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	17343

MSDSHHKPVWDRTHHAKMATGIGDPQCFKGMAGKSKFNVGDRVRIKDLPDLFYTRTMTYTRGATGTIVRLVYESPAAEDEAFGNEENVEWFYSIVFAQKDLWPEYSDTFANDTLETEIPERYLEKA

来源 Source

来源生物 organism	Thiobacillus thioparus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase subunit beta
分子量 formula_weight	18065.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MSSSIREEVHRHLGTVALMQPALHQQTHAPAPTEITHTLFRAYTRVPHDVGGEADVPIEYHEKEEEIWELNTFATCECLAWRGVWTAEERRRKQNCDVGQTVYLGMPYYGRWLLTAARILVDKQFVTLTELHNKIVEMRERVASGQGLGEYLPPKAK

来源 Source

来源生物 organism	Thiobacillus thioparus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase subunit gamma
分子量 formula_weight	27648.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
突变 mutation	R136W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MSADHDHDHDHDHDHKPAPMVEEVSDFEILEMAVRELAIEKGLFSAEDHRVWKDYVHTLGPLPAARLVAKAWLDPEYKKLCIEDGVEASKAVGVNWVTSPPTQFGTPSDYCNLRVLADSPTLKHVVVCTLCSCYPWPILGQSPEWYRSPNYRRRLVRWPRQVLAEFGLQLPSEVQIRVADSNQKTRYIVMPVRPEGTDGWTEDQLAEIVTRDCLIGVAVPKPGITVNAKRPVLKANRPVHHDH

来源 Source

来源生物 organism	Thiobacillus thioparus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALT (III) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1500

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3vygA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3vygB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	3vygC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	3vygD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3vygE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	3vygF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	3vygG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3vygH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	3vygI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	3vygJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3vygK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	3vygL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

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晶胞边长 a length_a	113.448 Å
晶胞边长 b length_b	172.398 Å
晶胞边长 c length_c	172.531 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	33.960 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1875
R_free r_free	0.2177

Crystal structure of Thiocyanate hydrolase mutant R136W

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thiocyanate hydrolase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thiocyanate hydrolase subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vyg__assembly_1__model_1

3vyg__assembly_1__model_1 | I(q)

3vyg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Thiocyanate hydrolase mutant R136W

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thiocyanate hydrolase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thiocyanate hydrolase subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vyg__assembly_1__model_1

3vyg__assembly_1__model_1 | I(q)

3vyg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)