SAXSdb — 3vza

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Spc24 protein × 1 Centromere protein T × 1 （F1NPG5） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Spc24 protein × 1 Centromere protein T × 1 （F1NPG5） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E1C4Y2_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–105； UniProt 132–234 作者链 B； PDB构建体 3–105； UniProt 132–234

Centromere protein T

Gallus gallus

UniProt F1NPG5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized protein × 1 （E1C4Y2） Spc24 protein × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized protein × 1 （E1C4Y2） Spc24 protein × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPT_CHICK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–38； UniProt 63–98 作者链 F； PDB构建体 3–38； UniProt 63–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vza
沉积日期 deposition_date	2012-10-09
结构标题 title	Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in complex with CENP-T peptide
关键词 keywords	RWD domain, kinetochore component, chromosome segregation, Ndc80 complex, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vza__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vza__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vza__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.85 Å
Rg（电子密度）	16.32 Å
总 Rg	17.47 Å
原子数	1592
残基数	192
排除体积	28256 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vza__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3vza__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	12466.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	3532

GYKERVERLCKSKELFEERLGLEIRRIHNEQLQFIFRHIDHKDPDKPYMFTLSINEQGDYEVTSCTPPLDCISEFQLKVRETNNFSAFIANIRKAFTALSFKQST

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spc24 protein
分子量 formula_weight	8455.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

GDEREDDGVPSAAYVTQLYYKISRIDWDYEVEPARIKGIHYGPDIAQPINMDSSHHSRCFISDYLWSLVPTAW

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Centromere protein T
分子量 formula_weight	4421.0 kDa
突变 mutation	T72D, S88D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GRNAFSELDSADPRVMLRRIIQNQPQVDPLALQTVQLEP

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	357

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3vzaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	457 — Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Chromosome segregation protein Spc25

结构域编号 domain_id	3vzaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	457 — Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Chromosome segregation protein Spc25

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晶胞边长 a length_a	61.321 Å
晶胞边长 b length_b	61.321 Å
晶胞边长 c length_c	111.275 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.898 Å
最低分辨率 resolution_low	30.409 Å
R 因子 r_factor	0.1695
R_work r_work	0.1669
R_free r_free	0.2160

Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in complex with CENP-T peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Centromere protein T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vza__assembly_1__model_1

3vza__assembly_1__model_1 | I(q)

3vza__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in complex with CENP-T peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vza__assembly_1__model_1

3vza__assembly_1__model_1 | I(q)

3vza__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)