SAXSdb — 3w1s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy protein 5

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Autophagy protein 16 × 1 （Q03818） Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （P38316） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Autophagy protein 16 × 2 （Q03818） Ubiquitin-like protein ATG12 × 2 （P38316） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

Autophagy protein 16

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q03818

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Autophagy protein 5 × 1 （Q12380） Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （P38316） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Autophagy protein 5 × 2 （Q12380） Ubiquitin-like protein ATG12 × 2 （P38316） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG16_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–49； UniProt 1–46

Ubiquitin-like protein ATG12

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P38316

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Autophagy protein 5 × 1 （Q12380） Autophagy protein 16 × 1 （Q03818） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Autophagy protein 5 × 2 （Q12380） Autophagy protein 16 × 2 （Q03818） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG12_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–91； UniProt 100–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3w1s
沉积日期 deposition_date	2012-11-20
结构标题 title	Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg12-Atg5 conjugate bound to the N-terminal domain of Atg16
关键词 keywords	Ubiquitin fold, E3-like, Atg3 binding, Isopeptide bond between Atg12 Gly186 and Atg5 Lys149, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3w1s__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3w1s__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3w1s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.19 Å
Rg（电子密度）	28.08 Å
总 Rg	29.04 Å
原子数	5736
残基数	724
排除体积	103280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3w1s__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3w1s__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Autophagy protein 5
分子量 formula_weight	32620.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2895

MNDIKQLLWNGELNVLVSIDPSFLMKGSPREIAVLRIRVPRETYLVNYMPLIWNKIKSFLSFDPLTDSEKYFWFEHNKTPIPWNYPVGVLFDCLAGKSATFTTSFENQVKDVLTFLRIHLVMGDSLPPTIIPIASSKTQAEKFWFHQWKQVCFILNGSSKAIMSLSVNEARKFWGSVITRNFQDFIEISNKISSSRPRHIPLIIQTSRTSGTFRISQPTISMTGVNPTLKDIEGDILDVKEGINGNDVMVICQGIEIPWHMLLYDLYSKLRSFDGFLYITLVPI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Autophagy protein 16
分子量 formula_weight	5792.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPHMGNFIITERKKAKEERSNPQTDSMDDLLIRRLTDRNDKEAHLNELF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein ATG12
分子量 formula_weight	10341.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GAHMNIQKIQIKFQPIGSIGQLKPSVCKISMSQSFAMVILFLKRRLKMDHVYCYINNSFAPSPQQNIGELWMQFKTNDELIVSYCASVAFG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3w1sc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3w1sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	3w1sA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain

结构域编号 domain_id	3w1sA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3w1sC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	72.149 Å
晶胞边长 b length_b	106.084 Å
晶胞边长 c length_c	143.071 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	42.600 Å
R 因子 r_factor	0.2310
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2580

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg12-Atg5 conjugate bound to the N-terminal domain of Atg16

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Autophagy protein 16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like protein ATG12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w1s__assembly_2__model_1

3w1s__assembly_2__model_1 | I(q)

3w1s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg12-Atg5 conjugate bound to the N-terminal domain of Atg16

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Autophagy protein 16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like protein ATG12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w1s__assembly_2__model_1

3w1s__assembly_2__model_1 | I(q)

3w1s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)