SAXSdb — 3w2m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

Trypanosoma cruzi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,6-dioxo-5-{2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}-1,2,3,6-tetrahydropyrimidine-4-carboxylic acid × 2 GLYCEROL × 23 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 COBALT HEXAMMINE(III) × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYRD_TRYCC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–313； UniProt 2–314 作者链 B； PDB构建体 1–313； UniProt 2–314

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3w2m
沉积日期 deposition_date	2012-11-30
结构标题 title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-3-183
关键词 keywords	Rossmann Fold, Oxidoreductase, Dihydroorotate/orotate binding, Cytosol, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3w2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3w2m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3w2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.86 Å
Rg（电子密度）	24.98 Å
总 Rg	25.86 Å
原子数	5029
残基数	626
排除体积	90329 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3w2m__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
分子量 formula_weight	34067.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.98.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5672

MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	353153
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2,6-dioxo-5-{2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}-1,2,3,6-tetrahydropyrimidine-4-carboxylic acid
分子量 formula_weight	328.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COBALT HEXAMMINE(III)
分子量 formula_weight	161.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	643

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3w2ma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d3w2mb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3w2mA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3w2mA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	26 — Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	3w2mB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3w2mB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	26 — Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	67.998 Å
晶胞边长 b length_b	71.988 Å
晶胞边长 c length_c	129.097 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	32.880 Å
R 因子 r_factor	0.1388
R_work r_work	0.1372
R_free r_free	0.1689

Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-3-183

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w2m__assembly_1__model_1

3w2m__assembly_1__model_1 | I(q)

3w2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-3-183

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w2m__assembly_1__model_1

3w2m__assembly_1__model_1 | I(q)

3w2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)