3w3a

Crystal structure of V1-ATPase at 3.9 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type ATP synthase alpha chain

物种未注明

UniProt Q56403

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATA_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577 作者链 B; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577 作者链 C; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577 作者链 I; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577 作者链 J; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577 作者链 K; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577

V-type ATP synthase beta chain

物种未注明

UniProt Q56404

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATB_THET8
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–457; UniProt 7–463 作者链 E; PDB构建体 1–457; UniProt 7–463 作者链 F; PDB构建体 1–457; UniProt 7–463 作者链 L; PDB构建体 1–457; UniProt 7–463 作者链 M; PDB构建体 1–457; UniProt 7–463 作者链 N; PDB构建体 1–457; UniProt 7–463

V-type ATP synthase subunit D

物种未注明

UniProt O87880

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 V-type ATP synthase subunit F × 1 (P74903) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATD_THET8
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–210; UniProt 2–211 作者链 O; PDB构建体 1–210; UniProt 2–211

V-type ATP synthase subunit F

物种未注明

UniProt P74903

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 V-type ATP synthase alpha chain × 3 (Q56403) V-type ATP synthase beta chain × 3 (Q56404) V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 V-type ATP synthase subunit D × 1 (O87880) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATF_THET8
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–100; UniProt 1–100 作者链 P; PDB构建体 1–100; UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3w3a
沉积日期 deposition_date2012-12-14
结构标题 titleCrystal structure of V1-ATPase at 3.9 angstrom resolution
关键词 keywords;ATP SYNTHESIS, HYDROGEN ION TRANSPORT, NUCLEOTIDE-BINDING, Catalytic Domain, Molecular Motor Proteins, Quaternary, Proton-Translocating ATPases, Thermus thermophilus, Vacuolar Proton-Translocating ATPases, Hydrolysis, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3w3a__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3w3a__assembly_4__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3w3a__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)32.41 Å
Rg(电子密度)33.68 Å
总 Rg33.30 Å
原子数2402
残基数310
排除体积42948 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3w3a__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3w3a__assembly_2__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3w3a__assembly_3__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3w3a__assembly_4__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 3w3a__assembly_5__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 3w3a__assembly_6__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id3w3aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3w3aA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3w3aA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id3w3aB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3w3aB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3w3aB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id3w3aC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3w3aC03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3w3aC04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id3w3aD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12240 —
结构域编号 domain_id3w3aE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12240 —
结构域编号 domain_id3w3aF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12240 —
结构域编号 domain_id3w3aG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3240 —
结构域编号 domain_id3w3aH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10580 — ATPase, V1 complex, subunit F
结构域编号 domain_id3w3aI02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3w3aI03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3w3aI04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id3w3aJ02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3w3aJ03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3w3aJ04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id3w3aK02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3w3aK03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3w3aK04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id3w3aL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12240 —
结构域编号 domain_id3w3aM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12240 —
结构域编号 domain_id3w3aN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12240 —
结构域编号 domain_id3w3aO00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3240 —
结构域编号 domain_id3w3aP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10580 — ATPase, V1 complex, subunit F
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7. 引用文献 (1)