3w5u

Cross-linked complex between Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin

Zea mays

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin-1, chloroplastic × 1 （P27787） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin-1, chloroplastic × 1 （P27787） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin-1, chloroplastic × 1 （P27787） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin-1, chloroplastic × 1 （P27787） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9SLP6_MAIZE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 42–355 作者链 C； PDB构建体 1–314； UniProt 42–355 作者链 E； PDB构建体 1–314； UniProt 42–355 作者链 G； PDB构建体 1–314； UniProt 42–355

Ferredoxin-1, chloroplastic

Zea mays

UniProt P27787

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin × 1 （Q9SLP6） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin × 1 （Q9SLP6） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin × 1 （Q9SLP6） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ferredoxin × 1 （Q9SLP6） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FER1_MAIZE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 53–150 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 53–150 作者链 F； PDB构建体 1–98； UniProt 53–150 作者链 H； PDB构建体 1–98； UniProt 53–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3w5u
沉积日期 deposition_date	2013-02-06
结构标题 title	Cross-linked complex between Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase
关键词 keywords	electron transfer complex, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3w5u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3w5u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3w5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.02 Å
Rg（电子密度）	24.06 Å
总 Rg	24.82 Å
原子数	3102
残基数	388
排除体积	55054 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3w5u__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3w5u__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3w5u__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3w5u__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferredoxin
分子量 formula_weight	35334.5 kDa
突变 mutation	E19C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	12485

IRAQASAVEAPATAKAKKCSKKQEEGVVTNLYKPKEPYVGRCLLNTKITGDDAPGETWHMVFSTEGKIPYREGQSIGVIADGVDKNGKPHKVRLYSIASSAIGDFGDSKTVSLCVKRLIYTNDAGEIVKGVCSNFLCDLQPGDNVQITGPVGKEMLMPKDPNATIIMLATGTGIAPFRSFLWKMFFEKHDDYKFNGLGWLFLGVPTSSSLLYKEEFGKMKERAPENFRVDYAVSREQTNAAGERMYIQTRMAEYKEELWELLKKDNTYVYMCGLKGMEKGIDDIMVSLAEKDGIDWFDYKKQLKRGDQWNVEVY

来源 Source

来源生物 organism	Zea mays
通用名 common_name	maize
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4577
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ferredoxin-1, chloroplastic
分子量 formula_weight	10534.4 kDa
突变 mutation	S59C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

ATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDQAEEDGIDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQCDQSYLDDGQIADGWVLTCHAYPTSDVVIETHKEEELTGA

来源 Source

来源生物 organism	Zea mays
通用名 common_name	maize
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4577
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3w5ua1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5ua2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5ub_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

结构域编号 domain_id	d3w5uc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5uc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5ud_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

结构域编号 domain_id	d3w5ue1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5ue2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5uf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

结构域编号 domain_id	d3w5ug1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5ug2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w5uh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3w5uA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3w5uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	3w5uB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3w5uC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3w5uC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	3w5uD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3w5uE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3w5uE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	3w5uF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3w5uG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3w5uG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	3w5uH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

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晶胞边长 a length_a	59.202 Å
晶胞边长 b length_b	153.634 Å
晶胞边长 c length_c	100.107 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	45.460 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2263
R_free r_free	0.2797

Cross-linked complex between Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ferredoxin-1, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w5u__assembly_1__model_1

3w5u__assembly_1__model_1 | I(q)

3w5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Cross-linked complex between Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ferredoxin-1, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3w5u__assembly_1__model_1

3w5u__assembly_1__model_1 | I(q)

3w5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)