SAXSdb — 3w6r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rac GTPase-activating protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 348–546	片段：Rho-GAP domain, UNP RESIDUES 348-546	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；295 K；100mM sodium cacodylate buffer, 13% polyethylene glycol 6000, 25% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3W6R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2OVJ The crystal structure of the human Rac GTPase activating protein 1 (RACGAP1) MgcRacGAP. 提交 2007-02-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 348–546（199 aa）片段：Rho-GAP domain	未记录	7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.49 Å R-free 0.176
3WPQ crystal structure of the GAP domain of MgcRacGAP(S387A) 提交 2014-01-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 346–546（201 aa）片段：UNP residues 346-546	突变：S387A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.0M Na Citrate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.84 Å R-free 0.200
3WPQ crystal structure of the GAP domain of MgcRacGAP(S387A) 提交 2014-01-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 346–546（201 aa）片段：UNP residues 346-546	突变：S387A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.0M Na Citrate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.84 Å R-free 0.200
3WPS crystal structure of the GAP domain of MgcRacGAP(S387D) 提交 2014-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 346–546（201 aa）片段：UNP residues 346-546 链 B 346–546（201 aa）片段：UNP residues 346-546	突变：S387D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S387D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；2.0M magnesium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
4B6D Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP 提交 2012-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–339（56 aa）片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
4B6D Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP 提交 2012-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 284–339（56 aa）片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
4B6D Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP 提交 2012-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 284–339（56 aa）片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
4B6D Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP 提交 2012-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 284–339（56 aa）片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
4B6D Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP 提交 2012-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 284–339（56 aa）片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
4B6D Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP 提交 2012-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 284–339（56 aa）片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
5C2J Complex structure of the GAP domain of MgcRacGAP and Cdc42 提交 2015-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 346–546（201 aa）片段：GAP domain, UNP residues 346-546	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG3350, Bis-Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
5C2K Crystal structure of the fusion protein linked by RhoA and the GAP domain of MgcRacGAP 提交 2015-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 346–546（201 aa）片段：GAP domain, UNP residues 346-546	突变：S249D	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG3350, Bis-Tris	分辨率 1.42 Å R-free 0.206

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–202； UniProt 348–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3w6r
沉积日期 deposition_date	2013-02-21
结构标题 title	Crystal structure of the GAP domain of human MgcRacGAP
关键词 keywords	GTPase activating, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.50 Å
零角强度 I(0) i0	9057680.00
分子量 molecular_weight	22631.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28593 Å³
包络体积 envelope_volume	32486 Å³
水化壳体积 shell_volume	16408 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.77 Å
包络 Rg envelope_rg	16.83 Å
形状 Rg shape_rg	16.47 Å
总 Rg total_rg	17.64 Å
总原子数 total_atoms	1584
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9058000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1426000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3w6ra1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamily	a.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family family	a.116.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3w6ra2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3w6rA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rho GTPase activation protein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.466 Å
晶胞边长 b length_b	63.159 Å
晶胞边长 c length_c	74.078 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.310 Å
R 因子 r_factor	0.2235
R_work r_work	0.2216
R_free r_free	0.2587

描述 description	Rac GTPase-activating protein 1
分子量 formula_weight	22788.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1717

Crystal structure of the GAP domain of human MgcRacGAP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rac GTPase-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

fit	/app/data/saxs_computation/w6/3w6r/3w6r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w6/3w6r/3w6r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w6/3w6r/3w6r.dat