3w8j

Crystal structure of P5 a0 in a complex with Prx4 c-term

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein disulfide-isomerase A6

Homo sapiens

UniProt Q15084

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 C-terminal peptide from Peroxiredoxin-4 × 1 (O08807) POTASSIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 C-terminal peptide from Peroxiredoxin-4 × 1 (O08807) POTASSIUM ION × 2 GLYCEROL × 4 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDIA6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–142; UniProt 20–140 作者链 B; PDB构建体 22–142; UniProt 20–140

C-terminal peptide from Peroxiredoxin-4

物种未注明

UniProt O08807

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Protein disulfide-isomerase A6 × 1 (Q15084) POTASSIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Protein disulfide-isomerase A6 × 1 (Q15084) POTASSIUM ION × 2 GLYCEROL × 4 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRDX4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–20; UniProt 244–263 作者链 D; PDB构建体 1–20; UniProt 244–263

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3w8j
沉积日期 deposition_date2013-03-13
结构标题 titleCrystal structure of P5 a0 in a complex with Prx4 c-term
关键词 keywordsPDI family member, thioredoxin fold, protein disulfide isomerase, OXIDOREDUCTASE-ISOMERASE complex; OXIDOREDUCTASE/ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3w8j__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3w8j__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3w8j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)15.47 Å
Rg(电子密度)13.93 Å
总 Rg15.28 Å
原子数1009
残基数128
排除体积17990 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3w8j__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3w8j__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3w8jA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id3w8jB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
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7. 引用文献 (1)