3wbm

Crystal Structure of protein-RNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA/RNA-binding protein Alba 1

Sulfolobus shibatae

UniProt P60848

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 4 RNA 2 RNA (25-MER) × 2 water × 6 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALBA1_SULSH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 B; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 C; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 D; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wbm
沉积日期 deposition_date2013-05-20
结构标题 titleCrystal Structure of protein-RNA complex
关键词 keywordsPROTEIN-RNA COMPLEX, DNA/RNA BINDING, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wbm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wbm__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wbm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.95 Å
Rg(电子密度)24.79 Å
总 Rg25.58 Å
原子数3714
残基数395
排除体积63755 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3wbm__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3wbma_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.6 — AlbA-like
家族 Family familyd.68.6.1 — DNA-binding protein AlbA
结构域编号 domain_idd3wbmb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.6 — AlbA-like
家族 Family familyd.68.6.1 — DNA-binding protein AlbA
结构域编号 domain_idd3wbmc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.6 — AlbA-like
家族 Family familyd.68.6.1 — DNA-binding protein AlbA
结构域编号 domain_idd3wbmd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.6 — AlbA-like
家族 Family familyd.68.6.1 — DNA-binding protein AlbA

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3wbmA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alba-like domain
结构域编号 domain_id3wbmB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alba-like domain
结构域编号 domain_id3wbmC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alba-like domain
结构域编号 domain_id3wbmD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alba-like domain
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7. 引用文献 (1)