SAXSdb — 3wdg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNG_STAAR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–218； UniProt 1–218

Uncharacterized protein

Staphylococcus aureus

UniProt Q936H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q6GJ88） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q936H5_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wdg
沉积日期 deposition_date	2013-06-18
结构标题 title	Staphylococcus aureus UDG / UGI complex
关键词 keywords	uracil-DNA glycosylase, uracil-DNA glycosylase inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wdg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wdg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wdg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.27 Å
Rg（电子密度）	20.13 Å
总 Rg	21.12 Å
原子数	2680
残基数	326
排除体积	47795 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wdg__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	26071.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2970

MEWSQIFHDITTKHDFKAMHDFLEKEYSTAIVYPDRENIYQAFDLTPFENIKVVILGQDPYHGPNQAHGLAFSVQPNAKFPPSLRNMYKELADDIGCVRQTPHLQDWAREGVLLLNTVLTVRQGEANSHRDIGWETFTDEIIKAVSDYKEHVVFILWGKPAQQKIKLIDTSKHCIIKSVHPSPLSAYRGFFGSKPYSKANTYLESVGKSPINWCESEALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	282458
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	13367.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTLELQLKHYITNLFNLPKDEKWECESIEEIADDILPDQYVRLGALSNKILQTYTYYSDTLHESNIYPFILYYQKQLIAIGYIDENHDMDFLYLHNTIMPLLDQRYLLTGGQ

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	290

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3wdga_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3wdgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	3wdgB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

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晶胞边长 a length_a	51.602 Å
晶胞边长 b length_b	86.367 Å
晶胞边长 c length_c	88.518 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1737
R_work r_work	0.1711
R_free r_free	0.2205

Staphylococcus aureus UDG / UGI complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wdg__assembly_1__model_1

3wdg__assembly_1__model_1 | I(q)

3wdg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Staphylococcus aureus UDG / UGI complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wdg__assembly_1__model_1

3wdg__assembly_1__model_1 | I(q)

3wdg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)