3wfd

Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitric oxide reductase subunit B

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–466	未记录	antibody fab fragment light chain × 1 antibody fab fragment heavy chain × 1 Nitric oxide reductase subunit C × 1 （Q59646） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 AXO (1E)-N-hydroxyethanimine × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WFD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3O0R Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2010-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3WFB Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250
3WFC Reduced and carbonmonoxide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
3WFE Reduced and cyanide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–466（466 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CYN CYANIDE ION × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.49 Å R-free 0.227
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–466（466 aa）片段：Nitric oxide reductase subunit b	未记录	HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–466（466 aa）片段：Nitric oxide reductase subunit b	未记录	HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5GUX Cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with xenon 提交 2016-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–466（466 aa）片段：Nitric oxide reductase subunit B	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 XE XENON × 7 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M SODIUM CITRATE, 50mM SODIUM CHLORIDE, 20mM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 3.30 Å R-free 0.268

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NORB_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–465； UniProt 1–466

Nitric oxide reductase subunit C

物种未注明

UniProt Q59646

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–146	未记录	antibody fab fragment light chain × 1 antibody fab fragment heavy chain × 1 Nitric oxide reductase subunit B × 1 （Q59647） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 AXO (1E)-N-hydroxyethanimine × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3WFD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3O0R Crystal structure of nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2010-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M sodium citrate, 50mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3WFB Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250
3WFC Reduced and carbonmonoxide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
3WFE Reduced and cyanide-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment 提交 2013-07-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 CYN CYANIDE ION × 2 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.49 Å R-free 0.227
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–146（146 aa）片段：Nitric oxide reductase subunit c	突变：K100N	HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–146（146 aa）片段：Nitric oxide reductase subunit c	突变：K100N	HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 1 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5GUX Cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with xenon 提交 2016-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–146（146 aa）片段：UNP residues 5-146, Nitric oxide reductase subunit C	突变：K100N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FE FE (III) ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 XE XENON × 7 10M decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；24% PEG 400, 0.1M SODIUM CITRATE, 50mM SODIUM CHLORIDE, 20mM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 3.30 Å R-free 0.268

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NORC_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wfd
沉积日期 deposition_date	2013-07-18
结构标题 title	Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment
关键词 keywords	metal-binding, membrane protein, IMMUNE SYSTEM-OXIDOREDUCTASE complex; IMMUNE SYSTEM/OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.81 Å
零角强度 I(0) i0	187074000.00
分子量 molecular_weight	117200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148930 Å³
包络体积 envelope_volume	186310 Å³
水化壳体积 shell_volume	42593 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.78 Å
包络 Rg envelope_rg	40.53 Å
形状 Rg shape_rg	39.76 Å
总 Rg total_rg	40.06 Å
总原子数 total_atoms	8261
残基数 n_residues	1029
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	187000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7307
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.693
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.169
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.587; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.538; Smooth: 0.200

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	antibody fab fragment light chain
分子量 formula_weight	23735.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	8556

DIQMTQSPPYLAASPGETITINCRASKSIRKYLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQFGIPSRFSGSGSGTEFTLTISSLEPEDFAMYYCQQHNEYPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	antibody fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	24089.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGTVLARPGASVKMSCKASGYSFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGAVYPGNSDTSYNQKFKGKAKLTAVTSASTAYMELSSLTNEDSAVYYCSRSSLDGYYVKNWCFDVWGQGTTVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTRPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nitric oxide reductase subunit B
分子量 formula_weight	52215.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MMSPNGSLKFASQAVAKPYFVFALILFVGQILFGLIMGLQYVVGDFLFPAIPFNVARMVHTNLLIVWLLFGFMGAAYYLVPEESDCELYSPKLAWILFWVFAAAGVLTILGYLLVPYAGLARLTGNELWPTMGREFLEQPTISKAGIVIVALGFLFNVGMTVLRGRKTAISMVLMTGLIGLALLFLFSFYNPENLTRDKFYWWWVVHLWVEGVWELIMGAILAFVLVKITGVDREVIEKWLYVIIAMALISGIIGTGHHYFWIGVPGYWLWLGSVFSALEPLPFFAMVLFAFNTINRRRRDYPNRAVALWAMGTTVMAFLGAGVWGFMHTLAPVNYYTHGTQLTAAHGHMAFYGAYAMIVMTIISYAMPRLRGIGEAMDNRSQVLEMWGFWLMTVAMVFITLFLSAAGVLQVWLQRMPADGAAMTFMATQDQLAIFYWLREGAGVVFLIGLVAYLLSFRRGKAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nitric oxide reductase subunit C
分子量 formula_weight	16374.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSETFTKGMARNIYFGGSVFFILLFLALTYHTEKTLPERTNEAAMSAAVVRGKLVWEQNNCVGCHTLLGEGAYFAPELGNVVGRRGGEEGFNTFLQAWMKIQPLNVPGRRAMPQFHLSEGQVDDLAEFLKWSSKIDTNQWPPNKEG

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(1E)-N-hydroxyethanimine
分子量 formula_weight	59.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	498.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	295

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3wfdh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wfdl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wfdl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3wfdB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	3wfdC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3wfdH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3wfdH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3wfdL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3wfdL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	90.927 Å
晶胞边长 b length_b	106.747 Å
晶胞边长 c length_c	196.437 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	33.380 Å
R 因子 r_factor	0.1933
R_work r_work	0.1913
R_free r_free	0.2318

fit	/app/data/saxs_computation/wf/3wfd/3wfd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wf/3wfd/3wfd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wf/3wfd/3wfd.dat

Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitric oxide reductase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitric oxide reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)