SAXSdb — 3wi3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication regulator SLD3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 148–430	片段：UNP RESIDUES 148-430	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 148–430	片段：UNP RESIDUES 148-430	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 148–430	片段：UNP RESIDUES 148-430	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WI3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8J09 Crystal structure of the Sld3 Cdc45-binding-domain, in complex with Cdc45 提交 2023-04-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 154–420（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane (pH6.5: pH8.5 = 3:7), 20%(w/v) PEG33500	分辨率 2.61 Å R-free 0.262
9RHI pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (monomer) 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 Q 1–668（668 aa）链 T 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9RHJ Pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (dimer) 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 Q 1–668（668 aa）链 T 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9RHL Phospho-DH bound by Sld3-MBD on ARS1 DNA 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 H 1–668（668 aa）链 I 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9RHM Phospho-MCM double hexamer bound to Sld3-Sld7-Cdc45 on ARS1 DNA 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 H 1–668（668 aa）链 I 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–284； UniProt 148–430 作者链 B； PDB构建体 2–284； UniProt 148–430 作者链 C； PDB构建体 2–284； UniProt 148–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wi3
沉积日期 deposition_date	2013-09-05
结构标题 title	Crystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3
关键词 keywords	REPLICATION REGULATOR, CDC45-BINDING, ALPHA HELICAL; REPLICATION REGULATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.00 Å
零角强度 I(0) i0	80614400.00
分子量 molecular_weight	75405.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96226 Å³
包络体积 envelope_volume	118880 Å³
水化壳体积 shell_volume	32132 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.44 Å
包络 Rg envelope_rg	31.89 Å
形状 Rg shape_rg	32.00 Å
总 Rg total_rg	32.44 Å
总原子数 total_atoms	5304
残基数 n_residues	632
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8785
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.637
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.867

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA replication regulator SLD3
分子量 formula_weight	34243.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5473

MSKINDYYSDPKEYIESKYYDALFSIHTPLAYFVKSNLVRLKNTCRTKYGSDSYKIAYQAMLQKFLLSIVQFKDRHDNRLLLEPFSSPIADEKRKNCLTKFVIQDENKNSSTIADLCVVLKSREIKLQILLLLEIIGLNDLDWNFRDFEKKYKLKLKKRSLNLTKKGLVRRRSKKKTSEKDKGIERITTSLDYCEQLDLYLDRACILDILLSSETPNPDAIEASNGTIQEHKKNILDKSKEASLVGFINYVLIPYFNKKVPHAVEFIIQKLKGPSMRPKRALKKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	169

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3wi3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2130 —

结构域编号 domain_id	3wi3B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2130 —

结构域编号 domain_id	3wi3C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2130 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.264 Å
晶胞边长 b length_b	92.820 Å
晶胞边长 c length_c	160.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	19.640 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2168
R_free r_free	0.2624

fit	/app/data/saxs_computation/wi/3wi3/3wi3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wi/3wi3/3wi3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wi/3wi3/3wi3.dat

Crystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication regulator SLD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction