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3wsz

SorLA Vps10p domain in complex with Abeta-derived peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sortilin-related receptor

Homo sapiens

UniProt Q92673

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 86–753 片段：N-terminal domain, UNP residues 86-753 10-mer peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；0.1M Tris, 1.41M Sodium Acetate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 3.20 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3WSZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2DM4 Solution structure of the second fn3 domain of human sorLA/LR11 提交 2006-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1651–1745（95 aa） 片段：FN3
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.18mM uniformly 13C and 15N labeled protein; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O
分辨率未提供
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2202–2214（13 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2202–2214（13 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2T VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2202–2214（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IOD IODIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3G2T VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2202–2214（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IOD IODIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3WSX SorLA Vps10p domain in ligand-free form 提交 2014-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–753（725 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 29-753
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Sodium Acetate, 1.2M Sodium dihydrogen phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.238
3WSY SorLA Vps10p domain in complex with its own propeptide fragment 提交 2014-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 86–753（668 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 86-753
链 C 42–56（15 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Cacodylate, 1.2M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.11 Å R-free 0.232
7VT0 Dimer structure of SORLA 提交 2021-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 89–752（664 aa）
链 B 89–752（664 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.40 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SORL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–669； UniProt 86–753

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3wsz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3wsz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wsz
沉积日期 deposition_date2014-03-30
结构标题 titleSorLA Vps10p domain in complex with Abeta-derived peptide
关键词 keywordsBeta-Propeller, Receptor, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.25 Å
零角强度 I(0) i068240900.00
分子量 molecular_weight64802.0 kDa
排除体积 excluded_volume81096 ų
包络体积 envelope_volume104120 ų
水化壳体积 shell_volume33457 ų
包络直径 envelope_diameter82.9 Å
壳层 Rg shell_rg33.44 Å
包络 Rg envelope_rg24.91 Å
形状 Rg shape_rg25.21 Å
总 Rg total_rg26.24 Å
总原子数 total_atoms4581
残基数 n_residues568
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.2 Å
Rg (实空间) rg_real26.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal68240000.0000
解质量估计 total_estimate0.9050
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.4 Å
偏度 Skewness skewness0.033
峰度 Kurtosis kurtosis-0.563
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13410000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)