SAXSdb — 3wus

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 187–373	片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 187-373	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；8.5% PEG 20000, 2% Dioxane, 300mM L-Arginine HCl, 85mM Na BICINE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.256
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 187–373	片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 187-373	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；8.5% PEG 20000, 2% Dioxane, 300mM L-Arginine HCl, 85mM Na BICINE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WUS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 185–373（189 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373	突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.75 Å R-free 0.233
4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 185–373（189 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373	突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.75 Å R-free 0.233
4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 185–373（189 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373	突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.75 Å R-free 0.233
4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 185–373（189 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373	突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.75 Å R-free 0.233
4J4J Crystal structure of the APOBEC3F Vif binding domain 提交 2013-02-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–373（156 aa）片段：UNP residues 218-373	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；18% (w/v) PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.0, 25% (w/v) glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
4J4J Crystal structure of the APOBEC3F Vif binding domain 提交 2013-02-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–373（156 aa）片段：UNP residues 218-373	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；18% (w/v) PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.0, 25% (w/v) glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5HX4 Zinc-Free APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 185–373（189 aa）片段：UNP residues 185-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tacsimate pH5.0, PEG3350, Glycerol	分辨率 1.92 Å R-free 0.214
5HX4 Zinc-Free APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 185–373（189 aa）片段：UNP residues 185-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tacsimate pH5.0, PEG3350, Glycerol	分辨率 1.92 Å R-free 0.214
5HX5 APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 185–373（189 aa）片段：UNP residues 185-373	突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302K, W310D, K355D, K358D, F363D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG3350, MgCl2	分辨率 2.33 Å R-free 0.264
5HX5 APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 185–373（189 aa）片段：UNP residues 185-373	突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302K, W310D, K355D, K358D, F363D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG3350, MgCl2	分辨率 2.33 Å R-free 0.264
5W2M APOBEC3F Catalytic Domain Complex with a Single-Stranded DNA 提交 2017-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 190–373（184 aa）链 B 190–373（184 aa）链 C 190–373（184 aa）链 D 190–373（184 aa）链 J 190–373（184 aa）链 K 190–373（184 aa）链 L 190–373（184 aa）链 M 190–373（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.05 M HEPES, pH 7.0, 0.1 M Potassium chloride, 0.005 M Magnesium Sulfate, 15%(v/v) MPD	分辨率 3.70 Å R-free 0.267
5ZVA APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dC9) 提交 2018-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 218–373（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol(MPD)	分辨率 2.30 Å R-free 0.208
5ZVA APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dC9) 提交 2018-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–373（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol(MPD)	分辨率 2.30 Å R-free 0.208
5ZVB APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dT9) 提交 2018-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 218–373（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
5ZVB APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dT9) 提交 2018-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–373（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
6NIL cryoEM structure of the truncated HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex 提交 2018-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 185–373（189 aa）片段：C-terminal domain 链 D 185–373（189 aa）片段：C-terminal domain 链 G 185–373（189 aa）片段：C-terminal domain 链 J 185–373（189 aa）片段：C-terminal domain	突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D 突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D 突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D 突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8VUD Crystal structure of APOBEC3F-CD1 提交 2024-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–190（190 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
8VUD Crystal structure of APOBEC3F-CD1 提交 2024-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–190（190 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.239

共 9 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ABC3F_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–190； UniProt 187–373 作者链 B； PDB构建体 4–190； UniProt 187–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wus
沉积日期 deposition_date	2014-05-02
结构标题 title	Crystal Structure of the Vif-Binding Domain of Human APOBEC3F
关键词 keywords	;APOBEC3F, A3F, Zinc binding, Hydrolase, antiviral enzyme, CYTIDINE DEAMINASE, DNA binding, HIV-1 VIF, single-stranded polynucleotide ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.57 Å
零角强度 I(0) i0	32606200.00
分子量 molecular_weight	44353.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55325 Å³
包络体积 envelope_volume	68589 Å³
水化壳体积 shell_volume	23663 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.37 Å
包络 Rg envelope_rg	24.51 Å
形状 Rg shape_rg	24.56 Å
总 Rg total_rg	25.37 Å
总原子数 total_atoms	3132
残基数 n_residues	368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9029
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.321
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6283000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.960

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
分子量 formula_weight	22868.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3139

MNPILRNPMEAMYPHIFYFHFKNLRKAYGRNESWLCFTMEVVKHHSPVSWKRGVFRNQVDPETHCHAERCFLSWFCDDILSPNTNYEVTWYTSWSPCPECAGEVAEFLARHSNVNLTIFTARLYYFWDTDYQEGLRSLSQEGASVEIMGYKDFKYCWENFVYNDDEPFKPWKGLKYNFLFLDSKLQEILE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3wusa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.1 — Cytidine deaminase-like
家族 Family family	c.97.1.6 — apolipoprotein B messenger RNA-editing enzyme catalytic (APOBEC) cytidine deaminase domains

结构域编号 domain_id	d3wusb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.1 — Cytidine deaminase-like
家族 Family family	c.97.1.6 — apolipoprotein B messenger RNA-editing enzyme catalytic (APOBEC) cytidine deaminase domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.294 Å
晶胞边长 b length_b	117.294 Å
晶胞边长 c length_c	78.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2027
R_work r_work	0.1998
R_free r_free	0.2565

fit	/app/data/saxs_computation/wu/3wus/3wus.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/3wus/3wus.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/3wus/3wus.dat

Crystal Structure of the Vif-Binding Domain of Human APOBEC3F

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction