3wwg

Crystal structure of the N-glycan-deficient variant N448A of isopullulanase complexed with isopanose

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isopullulanase

Aspergillus niger

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IPUA_ASPNG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–549； UniProt 20–564 作者链 B； PDB构建体 5–549； UniProt 20–564 作者链 C； PDB构建体 5–549； UniProt 20–564 作者链 D； PDB构建体 5–549； UniProt 20–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wwg
沉积日期 deposition_date	2014-06-17
结构标题 title	Crystal structure of the N-glycan-deficient variant N448A of isopullulanase complexed with isopanose
关键词 keywords	beta-helix, glycoside hydrolase family 49, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wwg__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wwg__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wwg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.28 Å
Rg（电子密度）	23.06 Å
总 Rg	24.01 Å
原子数	4310
残基数	542
排除体积	75661 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wwg__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3wwg__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3wwg__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3wwg__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isopullulanase
分子量 formula_weight	59995.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.57
突变 mutation	N448A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17816

REFMAVTANNSQLLTWWHNTGEINTQTPVADGNVRQSGLYSVKVQTTPASSSLYYDSFVYLAIPGNGMSDQLQYTQGYNQTQAWTSFLYSHDATVKISRNGSSANSNVVIRPTSLNFPVRYDNQSVYITVPYSPTGYRFSVEFDDDLISLAPSGARQPENALLIFASPFENSSTKPQPGSPNSIAPAPGRVLGLNTTSASTVVFNPGVYYFTGHDHMVLSSSVTWVYFAPGAYVKGAVEFLSTASEVKASGHGVLSGEQYVWYADPDEGYQKASGANNNGLRMWRGTLGNSSQTFVLNGVTVSAPPFNSMDWSGNSLDLITCRVDDYKQVGAFYGQTDGLEMYPGTILQDVFYHTDDDGLKMYYSNVTARNIVMWKESVAPVVEFGWTPRNTENVLFDNVDVIHQAYANAGNNPGIFGAVNNYLYAPDGLSSAHSTGNSNMTVRNITWSNFRAEGSSSALFRINPIQNLDNISIKNVSIESFEPLSINTTESWMPVWYDLNNGKQITVTDFSIEGFTVGNTTITASNAASVGRIDGVDPAYAGSVHYID

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus niger
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5061
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	32

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	623

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3wwga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.133 — Dextranase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.133.1 — Dextranase, N-terminal domain
家族 Family family	b.133.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwga2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwga3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wwgb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.133 — Dextranase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.133.1 — Dextranase, N-terminal domain
家族 Family family	b.133.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwgb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwgb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wwgc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.133 — Dextranase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.133.1 — Dextranase, N-terminal domain
家族 Family family	b.133.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwgc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwgc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wwgd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.133 — Dextranase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.133.1 — Dextranase, N-terminal domain
家族 Family family	b.133.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwgd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwgd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3wwgA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dextranase, N-terminal

结构域编号 domain_id	3wwgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

结构域编号 domain_id	3wwgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dextranase, N-terminal

结构域编号 domain_id	3wwgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

结构域编号 domain_id	3wwgC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dextranase, N-terminal

结构域编号 domain_id	3wwgC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

结构域编号 domain_id	3wwgD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dextranase, N-terminal

结构域编号 domain_id	3wwgD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

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晶胞边长 a length_a	96.400 Å
晶胞边长 b length_b	108.100 Å
晶胞边长 c length_c	116.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	34.040 Å
R 因子 r_factor	0.1846
R_work r_work	0.1825
R_free r_free	0.2237

Crystal structure of the N-glycan-deficient variant N448A of isopullulanase complexed with isopanose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isopullulanase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wwg__assembly_2__model_1

3wwg__assembly_2__model_1 | I(q)

3wwg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the N-glycan-deficient variant N448A of isopullulanase complexed with isopanose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isopullulanase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wwg__assembly_2__model_1

3wwg__assembly_2__model_1 | I(q)

3wwg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)