SAXSdb — 3wxg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P0CG50） Ubiquitin × 1 （P0CG50）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin × 1 （P0CG50） Ubiquitin × 1 （P0CG50）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E7FEV5_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–206； UniProt 578–780 作者链 A； PDB构建体 211–312； UniProt 850–951 作者链 D； PDB构建体 4–206； UniProt 578–780 作者链 D； PDB构建体 211–312； UniProt 850–951

Ubiquitin

Mus musculus

UniProt P0CG50

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized protein × 1 （E7FEV5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized protein × 1 （E7FEV5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72 作者链 F； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wxg
沉积日期 deposition_date	2014-07-30
结构标题 title	Crystal structure of CYLD USP domain (C596A) in complex with Lys63-linked diubiquitin
关键词 keywords	ubiquitin protease, HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex; HYDROLASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wxg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wxg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wxg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.68 Å
Rg（电子密度）	22.45 Å
总 Rg	23.41 Å
原子数	3609
残基数	448
排除体积	64895 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wxg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3wxg__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	35975.5 kDa
突变 mutation	C596A, B-box deletion
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7218

SHMGLEVMVGKKKGIQGHYNSAYLDSTLFCLFSFSSVLDTVLLRPRSKTDVEYYKETQELLRTEIVNPLRIHGYVCATKIMKLRRILEKVEAASGFTSEEKDPEEFLNILFHHILRVDPLLRLRSAGQKVQDCYFYQIFMDKKDKVMVPTSQQLLEWSFINSDLKFAEAPSCLIIQMPRFGKDFKMFNKIFPSLELDITDLLDDTPLEGGPHQQMELFAVLCIETSHYVAFVKYGSADSAWLFFDSMADRDGGQNGFNIPQVSRCPEVGEYLKMTPEELHALDPKNIQGYARRLLCDAYMCMYQSPTMSLYK

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8604.8 kDa
突变 mutation	K63R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQRESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8192.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3wxgb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3wxgc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3wxge_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3wxgf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3wxgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	3wxgD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	50.017 Å
晶胞边长 b length_b	65.657 Å
晶胞边长 c length_c	69.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	103.49 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.61 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	41.890 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1882
R_free r_free	0.2456

Crystal structure of CYLD USP domain (C596A) in complex with Lys63-linked diubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wxg__assembly_1__model_1

3wxg__assembly_1__model_1 | I(q)

3wxg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CYLD USP domain (C596A) in complex with Lys63-linked diubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wxg__assembly_1__model_1

3wxg__assembly_1__model_1 | I(q)

3wxg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)