3wyo

Heterodimeric myoglobin formed by domain swapping

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myoglobin

Equus caballus

UniProt P68082

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–154 链 B; UniProt 2–154 突变:H64V/V68H/E85K/D141K 突变:K78E/K79D HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;25% (w/v) PEG 1000, 100mM MES-NaOH buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.266
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–154 链 D; UniProt 2–154 突变:H64V/V68H/E85K/D141K 突变:K78E/K79D HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;25% (w/v) PEG 1000, 100mM MES-NaOH buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 149 个其他 PDB 条目、155 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYG_HORSE
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 C; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 B; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 D; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3wyo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3wyo
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wyo
沉积日期 deposition_date2014-09-04
结构标题 titleHeterodimeric myoglobin formed by domain swapping
关键词 keywordsGlobin, Oxygen Binding; OXYGEN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.59
零角强度 I(0) i074398500.00
分子量 molecular_weight70272.0 kDa
排除体积 excluded_volume89024 ų
包络体积 envelope_volume111900 ų
水化壳体积 shell_volume33375 ų
包络直径 envelope_diameter105.7
壳层 Rg shell_rg35.33
包络 Rg envelope_rg28.06
形状 Rg shape_rg28.57
总 Rg total_rg29.33
总原子数 total_atoms4968
残基数 n_residues612
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.0
Rg (实空间) rg_real29.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real7.4400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8932
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.9
偏度 Skewness skewness0.330
峰度 Kurtosis kurtosis-0.267
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10970000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.969

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3wyoa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd3wyob_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd3wyoc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd3wyod_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3wyoA01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2100
结构域编号 domain_id3wyoA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2110
结构域编号 domain_id3wyoB01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2100
结构域编号 domain_id3wyoB02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2110
结构域编号 domain_id3wyoC01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2100
结构域编号 domain_id3wyoC02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2110
结构域编号 domain_id3wyoD01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2100
结构域编号 domain_id3wyoD02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2110

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)