SAXSdb — 3zfk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN-E7

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 450–573	片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 450–573	片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ZFK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M08 Crystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7 提交 2002-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain 链 B 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；sodium phosphate, Sodium Chloride, zinc chloride, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：nuclease domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 446–576（131 aa）片段：nuclease domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1PT3 Crystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA 提交 2003-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 A 449–576（128 aa）片段：residues 449-576 链 B 449–576（128 aa）片段：residues 449-576	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；2.5 mM EDTA, 12.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 0.1 M Ammonium Formate, and 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–573（128 aa）片段：residues 446-573	突变：K528Q, T539R, H569A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1ZNS Crystal structure of N-ColE7/12-bp DNA/Zn complex 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 444–576（133 aa）片段：nuclease domain	突变：H545E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25mM Tris-HCl, 0.1M Ammonium chloride, 10.5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2AXC Crystal structure of ColE7 translocation domain 提交 2005-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–316（257 aa）片段：N-terminal Translocation domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 447–573（127 aa）	突变：N516T, N517Q, K525R, K528Q, T539Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2IVH Crystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) in complex with an 18-bp duplex DNA 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 449–576（128 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 449-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ROOM TEMPERATURE., pH 4.80	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 1.91 Å R-free 0.250
2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 445–576（132 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN	突变：D493Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 445–576（132 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN	突变：D493Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–206（206 aa）片段：ENDONUCLEASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH 6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.270

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–132； UniProt 450–573 作者链 B； PDB构建体 9–132； UniProt 450–573

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zfk
沉积日期 deposition_date	2012-12-11
结构标题 title	N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7
关键词 keywords	HYDROLASE, ARTIFICIAL METALLONUCLEASE, ALLOSTERIC CONTROL; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.72 Å
零角强度 I(0) i0	18659300.00
分子量 molecular_weight	30085.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36554 Å³
包络体积 envelope_volume	45467 Å³
水化壳体积 shell_volume	18226 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.4 Å
壳层 Rg shell_rg	27.92 Å
包络 Rg envelope_rg	22.77 Å
形状 Rg shape_rg	22.69 Å
总 Rg total_rg	23.45 Å
总原子数 total_atoms	4110
残基数 n_residues	256
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.7 Å
Rg (实空间) rg_real	23.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6205
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.318
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4129000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.613; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.732; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COLICIN-E7
分子量 formula_weight	15315.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4408

GPLGSPEFPGKATGKGKPVNNKWLNNAGKDLGSPVPDRIANKLRDKEFKSFDDFRKKFWEEVSKDPELSKQFSRNNNDRMKVGKAPKTRTQDVSGKRTSFELHHEKPISQNGGVYDMDNISVVTPKRHIDIHQVN

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3zfka1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d3zfka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3zfkb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d3zfkb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3zfkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

结构域编号 domain_id	3zfkB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.400 Å
晶胞边长 b length_b	55.400 Å
晶胞边长 c length_c	73.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.099 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2343

fit	/app/data/saxs_computation/zf/3zfk/3zfk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zf/3zfk/3zfk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zf/3zfk/3zfk.dat

N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7