3zhv

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, post-decarboxylation intermediate from pyruvate (2-hydroxyethyl-ThDP)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-[(1S)-1-oxidanylethyl]-1,3-thiazol-3-ium-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate ; × 2 MAGNESIUM ION × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-[(1S)-1-oxidanylethyl]-1,3-thiazol-3-ium-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate ; × 2 MAGNESIUM ION × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KGD_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–868； UniProt 361–1227 作者链 B； PDB构建体 2–868； UniProt 361–1227 作者链 C； PDB构建体 2–868； UniProt 361–1227 作者链 D； PDB构建体 2–868； UniProt 361–1227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zhv
沉积日期 deposition_date	2012-12-24
结构标题 title	Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, post-decarboxylation intermediate from pyruvate (2-hydroxyethyl-ThDP)
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, E1O; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3zhv__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3zhv__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3zhv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.83 Å
Rg（电子密度）	33.89 Å
总 Rg	34.43 Å
原子数	12638
残基数	1633
排除体积	222960 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3zhv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3zhv__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME
分子量 formula_weight	97166.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.5, 4.1.1.71, 1.2.4.2, 2.3.1.61
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	26141

GDSIEDKNARVIELIAAYRNRGHLMADIDPLRLDNTRFRSHPDLDVNSHGLTLWDLDREFKVDGFAGVQRKKLRDILSVLRDAYCRHVGVEYTHILEPEQQRWIQERVETKHDKPTVAEQKYILSKLNAAEAFETFLQTKYVGQKRFSLEGAETVIPMMDAVIDQCAEHGLDEVVIAMPHRGRLNVLANIVGKPYSQIFSEFEGNLNPSQAHGSGDVKYHLGATGTYIQMFGDNDIEVSLTANPSHLEAVDPVLEGLVRAKQDLLDTGEEGSDNRFSVVPLMLHGDAAFAGQGVVAETLNLALLRGYRTGGTIHIVVNNQIGFTTAPTDSRSSEYCTDVAKMIGAPIFHVNGDDPEACAWVARLAVDFRQAFKKDVVIDMLCYRRRGHNEGDDPSMTQPYMYDVIDTKRGSRKAYTEALIGRGDISMKEAEDALRDYQGQLERVFNEVRELEKHEIEPSESVEADQQIPSKLATAVDKAMLQRIGDAHLALPEGFTVHPRVRPVLEKRREMAYEGRIDWAFAELLALGSLIAEGKLVRLSGQDTQRGTFTQRHAVIVDRKTGEEFTPLQLLATNPDGTPTGGKFLVYNSALSEFAAVGFEYGYSVGNPDAMVLWEAQFGDFVNGAQSIIDEFISSGEAKWGQLSDVVLLLPHGHEGQGPDHTSGRIERFLQLWAEGSMTIAMPSTPANYFHLLRRHGKDGIQRPLIVFTPKSMLRNKAAVSDIRDFTESKFRSVLEEPMYTDGEGDRNKVTRLLLTSGKIYYELAARKAKENREDVAIVRIEQLAPLPRRRLAETLDRYPNVKEKFWVQEEPANQGAWPSFGLTLPEILPDHFTGLKRISRRAMSAPSSGSSKVHAVEQQEILDTAFG

来源 Source

来源生物 organism	MYCOBACTERIUM SMEGMATIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1772
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-[(1S)-1-oxidanylethyl]-1,3-thiazol-3-ium-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	469.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	969

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3zhvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — TPP helical domain

结构域编号 domain_id	3zhvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3zhvA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12470 —

结构域编号 domain_id	3zhvA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11610 — Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3zhvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — TPP helical domain

结构域编号 domain_id	3zhvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3zhvB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12470 —

结构域编号 domain_id	3zhvB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11610 — Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3zhvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — TPP helical domain

结构域编号 domain_id	3zhvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3zhvC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12470 —

结构域编号 domain_id	3zhvC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11610 — Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3zhvD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — TPP helical domain

结构域编号 domain_id	3zhvD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3zhvD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12470 —

结构域编号 domain_id	3zhvD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11610 — Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	80.464 Å
晶胞边长 b length_b	83.702 Å
晶胞边长 c length_c	160.333 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.68 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.63 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	41.060 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2034
R_free r_free	0.2354

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, post-decarboxylation intermediate from pyruvate (2-hydroxyethyl-ThDP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zhv__assembly_2__model_1

3zhv__assembly_2__model_1 | I(q)

3zhv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, post-decarboxylation intermediate from pyruvate (2-hydroxyethyl-ThDP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zhv__assembly_2__model_1

3zhv__assembly_2__model_1 | I(q)

3zhv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)