SAXSdb — 3zjb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF RECEPTOR-ASSOCIATED FACTOR 4

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 283–470 链 B； UniProt 283–470 链 C； UniProt 283–470	片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；15% PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ZJB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EOD Solution structure of TRAF-type zinc finger domains (190- 248) from human TNF receptor-associated factor 4 提交 2007-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 190–248（59 aa）片段：zf-TRAF, UNP residues 190-248	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.13mM uniformly 13C,15N-labeled protein; 20mM TrisHCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA; 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供
2YUC Solution structure of the TRAF-type zinc finger domains (102-164) from human TNF receptor associated factor 4 提交 2007-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–164（63 aa）片段：TRAF-type zinc finger domains	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.24mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA, 90% H2O, 10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4K8U Crystal structure of TRAF4 TRAF domain 提交 2013-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 281–470（190 aa）片段：UNP residues 281-470 链 B 281–470（190 aa）片段：UNP residues 281-470 链 C 281–470（190 aa）片段：UNP residues 281-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；13% PEG 3350, 0.14M Magnessium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
4M4E TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-08-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 292–466（175 aa）链 B 292–466（175 aa）链 C 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；0.2M Ammonium fluoride, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
5YC1 TRAF4_GPIb complex 提交 2017-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 B 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 C 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.265
5YC1 TRAF4_GPIb complex 提交 2017-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 E 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 F 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.265
9OGV Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 292–466（175 aa）链 B 292–466（175 aa）链 C 292–466（175 aa）	未记录	A1CA9 N-(1,3-thiazol-2-yl)quinoxaline-6-carboxamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.295
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.276
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.276
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.276

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–189； UniProt 283–470 作者链 B； PDB构建体 2–189； UniProt 283–470 作者链 C； PDB构建体 2–189； UniProt 283–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zjb
沉积日期 deposition_date	2013-01-17
结构标题 title	The structure of the TRAF domain of human TRAF4
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.07 Å
零角强度 I(0) i0	60219900.00
分子量 molecular_weight	60503.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75909 Å³
包络体积 envelope_volume	97625 Å³
水化壳体积 shell_volume	31163 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.5 Å
壳层 Rg shell_rg	33.36 Å
包络 Rg envelope_rg	25.72 Å
形状 Rg shape_rg	26.05 Å
总 Rg total_rg	26.98 Å
总原子数 total_atoms	4288
残基数 n_residues	528
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7467
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.596
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9236000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.267; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TNF RECEPTOR-ASSOCIATED FACTOR 4
分子量 formula_weight	22727.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4932

MALVSRQRQELQELRRELEELSVGSDGVLIWKIGSYGRRLQEAKAKPNLECFSPAFYTHKYGYKLQVSAFLNGNGSGEGTHLSLYIRVLPGAFDNLLEWPFARRVTFSLLDQSDPGLAKPQHVTETFHPDPNWKNFQKPGTWRGSLDESSLGFGYPKFISHQDIRKRNYVRDDAVFIRAAVELPRKILSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	575

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3zjbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A

结构域编号 domain_id	3zjbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A

结构域编号 domain_id	3zjbC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.620 Å
晶胞边长 b length_b	85.440 Å
晶胞边长 c length_c	61.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	58.600 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1632
R_free r_free	0.1995

fit	/app/data/saxs_computation/zj/3zjb/3zjb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zj/3zjb/3zjb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zj/3zjb/3zjb.dat

The structure of the TRAF domain of human TRAF4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF RECEPTOR-ASSOCIATED FACTOR 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction