3zow

Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C-552

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
11	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
12	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
13	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
14	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
15	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
16	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
17	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
18	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 23–103	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ZOW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A56 PRIMARY SEQUENCE AND SOLUTION CONFORMATION OF FERRICYTOCHROME C-552 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA, NMR, MEAN STRUCTURE REFINED WITH EXPLICIT HYDROGEN BOND CONSTRAINTS 提交 1998-02-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–103（81 aa）	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1 NMR样品组成 WATER	分辨率未提供
1A8C PRIMARY SEQUENCE AND SOLUTION CONFORMATION OF FERROCYTOCHROME C-552 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA, NMR, MEAN STRUCTURE REFINED WITHOUT HYDROGEN BOND CONSTRAINTS 提交 1998-03-23	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–103（81 aa）	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1 NMR样品组成 WATER	分辨率未提供
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–103（81 aa）	突变：YES	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4JCG Recombinant wild type Nitrosomonas europaea cytochrome c552 提交 2013-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–103（81 aa）片段：Cyt C552 (UNP Residues 23-103)	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；19% (w/v) PEG 6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 7.4 at 7-8 mM protein concentration., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.63 Å R-free 0.234

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY552_NITEU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 B； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 C； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 D； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 E； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 F； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 G； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 H； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 I； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 J； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 K； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 L； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 M； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 N； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 O； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 P； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 Q； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 R； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zow
沉积日期 deposition_date	2013-02-25
结构标题 title	Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552
关键词 keywords	HEMEPROTEIN, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.63 Å
零角强度 I(0) i0	376328000.00
分子量 molecular_weight	162780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	205370 Å³
包络体积 envelope_volume	293520 Å³
水化壳体积 shell_volume	59418 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.63 Å
包络 Rg envelope_rg	40.36 Å
形状 Rg shape_rg	41.61 Å
总 Rg total_rg	41.99 Å
总原子数 total_atoms	11414
残基数 n_residues	1449
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.0 Å
Rg (实空间) rg_real	41.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	376300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.527
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.772

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d3zowa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowm_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zown_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowo_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowp_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowq_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d3zowr_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3zowA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	3zowR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	59.450 Å
晶胞边长 b length_b	137.930 Å
晶胞边长 c length_c	204.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	35.220 Å
R 因子 r_factor	0.2041
R_work r_work	0.2011
R_free r_free	0.2576

描述 description	CYTOCHROME C-552
分子量 formula_weight	8491.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	11630

Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C-552

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	216

fit	/app/data/saxs_computation/zo/3zow/3zow.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/3zow/3zow.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/3zow/3zow.dat