3zrt

Crystal structure of human PSD-95 PDZ1-2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.2 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DISKS LARGE HOMOLOG 4

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 61–249 链 C； UniProt 61–249	片段：PDZ1-2, REISDUES 61-249	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 6.0, 2.0 M SODIUM FORMATE AND 5 % PEG 4000 (DROP SIZE: 1 UL SAMPLE AND 1UL RESERVOIR SOLUTION)	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 61–249 链 D； UniProt 61–249	片段：PDZ1-2, REISDUES 61-249	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 6.0, 2.0 M SODIUM FORMATE AND 5 % PEG 4000 (DROP SIZE: 1 UL SAMPLE AND 1UL RESERVOIR SOLUTION)	分辨率 3.40 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ZRT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KEF PDZ1 of SAP90 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 105–197（93 aa）片段：PDZ1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM protein, 10 mM phosphate buffer, 150 mM NaCl, pH 6.8 \| 10 mM phosphate buffer, 150 mM NaCl	分辨率未提供
2MES Backbone 1H, 13C, 15N resonance assignments of calcium-bound calmodulin in complex with PSD95 N-terminal peptide 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–71（71 aa）片段：UNP residues 1-71	未记录	CA CALCIUM ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, PSD95NT, DTT, Tris, CaCl2, 600 uM PSD95_N-terminal_peptide, 20 mM Tris-d11, 50 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 5 mM DTT-d, 93 % H2O, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3I4W Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 提交 2009-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）片段：Third PDZ domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 capillary contradiffusion；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M ammonium acetate trihydrate, 25%(w/v) PEG 4000, pH 4.6, capillary contradiffusion, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.216
3I4W Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 提交 2009-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–403（102 aa）片段：Third PDZ domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 capillary contradiffusion；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M ammonium acetate trihydrate, 25%(w/v) PEG 4000, pH 4.6, capillary contradiffusion, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.216
3I4W Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 提交 2009-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 302–403（102 aa）片段：Third PDZ domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 capillary contradiffusion；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M ammonium acetate trihydrate, 25%(w/v) PEG 4000, pH 4.6, capillary contradiffusion, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.216
3I4W Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 提交 2009-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 302–403（102 aa）片段：Third PDZ domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 capillary contradiffusion；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M ammonium acetate trihydrate, 25%(w/v) PEG 4000, pH 4.6, capillary contradiffusion, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.216
3K82 Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 提交 2009-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 305–402（98 aa）片段：Third PDZ domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 0.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8M potassium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.40 Å R-free 0.210
5J7J NMR Derived Structure of Ca2+ Calmodulin bound to Phosphorylated PSD-95 提交 2016-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–19（19 aa）片段：UNP residues 1-19	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 750 uM PSD-95 phosphorylated, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5JXB PSD-95 extended PDZ3 in complex with SynGAP PBM 提交 2016-05-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 309–413（105 aa）链 C 309–413（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
6QJD Crystal Structure of the truncated form of the third PDZ domain of PSD-95: residues 302-392 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–393（92 aa）片段：PDZ domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.259
6QJD Crystal Structure of the truncated form of the third PDZ domain of PSD-95: residues 302-392 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–393（92 aa）片段：PDZ domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.259
6QJD Crystal Structure of the truncated form of the third PDZ domain of PSD-95: residues 302-392 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 302–393（92 aa）片段：PDZ domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.259
6QJD Crystal Structure of the truncated form of the third PDZ domain of PSD-95: residues 302-392 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 302–393（92 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 4000	分辨率 1.55 Å R-free 0.259
6QJF Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 1 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.16 M ammonium dihydrogenphosphate, 50 mM Tris, 20 % glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
6QJF Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 1 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.16 M ammonium dihydrogenphosphate, 50 mM Tris, 20 % glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
6QJF Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 1 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.16 M ammonium dihydrogenphosphate, 50 mM Tris, 20 % glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
6QJF Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 1 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.16 M ammonium dihydrogenphosphate, 50 mM Tris, 20 % glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
6QJG Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 2 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 30 % PEG 8000	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
6QJG Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 2 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 30 % PEG 8000	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
6QJG Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 2 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 30 % PEG 8000	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
6QJG Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 2 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 30 % PEG 8000	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
6QJI Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3112 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 305–403（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
6QJI Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3112 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 305–403（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
6QJI Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3112 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 305–403（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
6QJI Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3112 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 305–403（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
6QJI Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3112 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 305–403（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
6QJI Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3112 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 305–403（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
6QJJ Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein: space group P3221 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 305–403（99 aa）片段：PDZ domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
6QJK Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332G mutant: space group P43 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 348–446（99 aa）片段：PDZ domain	突变：D332G	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.17 M ammonium sulphate , 25.5% PEG 8000 , 15% Glycerol	分辨率 1.05 Å R-free 0.145
6QJL Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332G mutant: space group P21 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332G	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.17 M ammonium sulphate , 25.5% PEG 8000 , 15% Glycerol	分辨率 1.04 Å R-free 0.174
6QJL Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332G mutant: space group P21 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332G	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.17 M ammonium sulphate , 25.5% PEG 8000 , 15% Glycerol	分辨率 1.04 Å R-free 0.174
6QJN Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332G mutant: space group I4122 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M sodium citrate, 20% 2-Propanol, 20% PEG 4000, 5% Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
6QJN Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332G mutant: space group I4122 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–403（102 aa）片段：PDZ domain	突变：D332G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M sodium citrate, 20% 2-Propanol, 20% PEG 4000, 5% Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
6SPV Crystal structure of PDZ1-2 from PSD-95 提交 2019-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 55–249（195 aa）	未记录	GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M calcium acetate; 0.1 M sodium cacodylate; 40% v/v PEG 400	分辨率 2.04 Å R-free 0.260
6SPZ Crystal structure of PDZ1-2 from PSD-95 with peptide ligand sequence RRESEI bound to both domains 提交 2019-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 55–249（195 aa）	未记录	GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate, 50% v/v PEG 200. Matrix microseeding with Apo crystal form (PDB ID: 6spv).	分辨率 2.08 Å R-free 0.240
9TNF Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein Y397E mutant 提交 2025-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）	突变：Y397E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M sodium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
9TNF Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein Y397E mutant 提交 2025-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–403（102 aa）	突变：Y397E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M sodium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
9TNG Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein E401R mutant 提交 2025-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–403（102 aa）	突变：E401R	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.2 M ammonium sulphate, 25% w/v PEG 4000, 0.1 M sodium acetate	分辨率 0.95 Å R-free 0.168

共 18 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DLG4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–199； UniProt 61–249 作者链 B； PDB构建体 11–199； UniProt 61–249 作者链 C； PDB构建体 11–199； UniProt 61–249 作者链 D； PDB构建体 11–199； UniProt 61–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zrt
沉积日期 deposition_date	2011-06-19
结构标题 title	Crystal structure of human PSD-95 PDZ1-2
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.42 Å
零角强度 I(0) i0	92880500.00
分子量 molecular_weight	75476.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94696 Å³
包络体积 envelope_volume	123570 Å³
水化壳体积 shell_volume	35941 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.96 Å
包络 Rg envelope_rg	28.16 Å
形状 Rg shape_rg	28.41 Å
总 Rg total_rg	29.26 Å
总原子数 total_atoms	5311
残基数 n_residues	704
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	92890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9070
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.470
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.918

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3zrtA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3zrtA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3zrtB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3zrtB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3zrtC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3zrtC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3zrtD01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	370 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3zrtD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	112.150 Å
晶胞边长 b length_b	112.150 Å
晶胞边长 c length_c	196.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.398 Å
最低分辨率 resolution_low	48.679 Å
R 因子 r_factor	0.2214
R_work r_work	0.2192
R_free r_free	0.2638

描述 description	DISKS LARGE HOMOLOG 4
分子量 formula_weight	21347.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5311

Crystal structure of human PSD-95 PDZ1-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DISKS LARGE HOMOLOG 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

fit	/app/data/saxs_computation/zr/3zrt/3zrt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zr/3zrt/3zrt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zr/3zrt/3zrt.dat