3zus

Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 178.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23

CLOSTRIDIUM BOTULINUM

UniProt O00161

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 150–211 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 150–211 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 150–211 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 150–211 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNP23_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 433–492; UniProt 150–211 作者链 B; PDB构建体 433–492; UniProt 150–211 作者链 C; PDB构建体 433–492; UniProt 150–211 作者链 D; PDB构建体 433–492; UniProt 150–211

BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23

CLOSTRIDIUM BOTULINUM

UniProt P10845

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–431 链 A; UniProt 454–865 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 3–431 链 B; UniProt 454–865 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 3–431 链 C; UniProt 454–865 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 3–431 链 D; UniProt 454–865 片段:LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. 分辨率 2.95 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BXA1_CLOBO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–432; UniProt 3–431 作者链 A; PDB构建体 503–914; UniProt 454–865 作者链 B; PDB构建体 4–432; UniProt 3–431 作者链 B; PDB构建体 503–914; UniProt 454–865 作者链 C; PDB构建体 4–432; UniProt 3–431 作者链 C; PDB构建体 503–914; UniProt 454–865 作者链 D; PDB构建体 4–432; UniProt 3–431 作者链 D; PDB构建体 503–914; UniProt 454–865

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3zus

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3zus
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zus
沉积日期 deposition_date2011-07-19
结构标题 titleCrystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A
关键词 keywordsHYDROLASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX, BOTULINUM NEUROTOXIN, SNARE, PROTEIN ENGINEERING; HYDROLASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.33
零角强度 I(0) i02039100000.00
分子量 molecular_weight390730.0 kDa
排除体积 excluded_volume493460 ų
包络体积 envelope_volume709060 ų
水化壳体积 shell_volume108840 ų
包络直径 envelope_diameter185.6
壳层 Rg shell_rg58.43
包络 Rg envelope_rg51.71
形状 Rg shape_rg52.29
总 Rg total_rg52.63
总原子数 total_atoms27582
残基数 n_residues3407
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.1
Rg (实空间) rg_real52.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81
I(0) (实空间) i0_real2.0390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2039000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8037
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary59.4
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha256800000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3zusA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like
结构域编号 domain_id3zusA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain
结构域编号 domain_id3zusB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like
结构域编号 domain_id3zusB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain
结构域编号 domain_id3zusC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like
结构域编号 domain_id3zusC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain
结构域编号 domain_id3zusD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like
结构域编号 domain_id3zusD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)